Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki - Benutzerbeiträge [de]

Docking@Home

2009-05-21T11:06:29Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Projektbeschreibung */

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{{Stub Artikel|Einleitung, Beschreibung, Erfolge, Banner}}

'''Docking@Home'''...

== Projektbeschreibung ==


Docking@Home ist ein Projekt das sich mit der so genannten Protein-Liganden Problematik befasst. Bei der Suche nach neuen Medikamenten wird immer häufiger auf die Hilfe von Computerberechnungen zurückgegriffen. Medizinisch aktive Substanzen wirken normalerweise durch deren Eigenschaft der selektiven Bindung an bestimmte Proteine in unserem Körper. Um dies zu Verdeutlichen ein Beispiel aus der Hausapotheke: Das Aspirin.
Aspirin, besser gesagt der Wirkstoff ASS (Acetylsalicylsäure) ist in der Lage an das Enzym COX-1 und COX-2 zu binden. Nur bindet es nicht irgendwo an diesen beiden Proteinen, sondern genau in deren aktiven Zentrum. Enzyme haben meist ein solchen aktives Zentrum, genau dort findet die chemische Reaktion statt die das Enzym ausmacht. Bindet nun ein Fremdstoff, wie in diesem Fall Aspirin, an dieses aktive Zentrum, kann die Funktion des Enzym stark gestört bzw. sogar komplett inhibiert sein. Im Falle von Aspirin ist das eine gewünschte Störung der Enzyme, da COX-1 und COX-2 in der Blutgerinnung und Schmelzentstehung beteiligt sind. Inhibiert man die Funktion der Enzyme kann man also die Blutgerinnung beeinflussen (wichtig z.b. bei Menschen mit Herzinfarktrisiko) bzw. die Schmerzbildung (wirkt also als Schmerzmittel/Analgetika).
Die Wirkung eines Medikaments beruht also auf der Bingung eines Moleküls an ein Protein.
Docking@Home versucht nun dieses "Docking" eines Moleküls an ein Zielprotein zu simulieren. Ziel ist es ein mögliches Medikament am Computer zu designen.
Man berechnet sich also gezielt einen passenden "Schlüssel" (zu berechnendes Molekül) zum bestehenden "Schloß" (Zielprotein).
Eine solche "in silico"-Berechnung von potentiellen Medikamenten ist allerdings sehr aufwendig und bedarf enormer Computerkapazitäten. Docking@Home versucht dies über das BOINC Framework zu erreichen.

== Erfolge des Projekts ==



== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 03.09.2008 mit einem eigenen Team an Docking@Home teil.



== Teilnahme ==

Das Projekt wird über die [[BOINC]]-Plattform betrieben. Die Anmelde-URL lautet: [http://docking.cis.udel.edu/ http://docking.cis.udel.edu/] Eine Anmeldung ist jedoch nur sporadisch möglich.

Die Größe einer [[Work-Unit]] beim Download beträgt 1,13 MB. Die Größe eines Uploads beträgt in etwa 200 KB.

== Besonderheiten ==

* Es kann vorkommen, dass ständig auf die Festplatte zugegriffen wird. Dies liegt an den [[Checkpoints]]. Das Problem ist bekannt und es wird daran gearbeitet.
* Das [[Quorum]] beträgt 1. Eine Work-Unit muss somit nur von einem Rechner erfolgreich berechnet werden.
* Die Deadline der Work-Units beträgt im Moment 8 Tage. Work-Units, die bis zu diesem Zeitpunkt nicht erfolgreich berechnet wieder abgegeben werden, werden nicht akzeptiert.
* Das Projekt profitiert nicht von 64 Bit. Unter 64-Bit-Betriebssystemen wird auch die 32-Bit-Anwendung genutzt.

== Banner ==

TODO

== Weblinks ==

* [http://docking.cis.udel.edu http://docking.cis.udel.edu] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://docking.cis.udel.edu/community/team/display.php?teamid=108 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Biologie & Medizin]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2009-05-06T16:27:37Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Projektbeschreibung */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
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| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=GPUGRID}}
|}

'''GPUGRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt GPUGRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atomen zu visualisieren und diese Prozesse somit besser zu verstehen. Verwendet wird die sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesem Vorgang werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein und/oder Protein-Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch seinen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.gpugrid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

{{Stub Erfolge}}

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an GPUGRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008. Am 10.09.2008 wurde schließlich der erste Meilenstein von 1.000.000 Credits erreicht. Zu diesem Zeitpunkt waren 22 Teilnehmer im Team aktiv.

== Teilnahme ==

GPUGRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den früheren Namen "PS3Grid verlieh."

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (Oktober 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
216 Shader: Geforce GTX 260 Core 216
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10]. Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellen Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt, und somit die WUs mit einem Berechnungsfehler abbrechen:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor:''' Device Emulation (CPU)''' (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: '''GeForce 9800 GT''' (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.gpugrid.net/ http://www.gpugrid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro CPU-Kern jeweils eine Work-Unit.

== Rechenzeiten ==

Die Rechenzeiten mit dem neuen Windows-Client 6.45 scheinen zur Version 6.43 minimal erhöht zu sein. Dafür strebt die CPU-Last eines Kerns gegen 0. Die CPU-Zeit variert stark je nach WU und CPU von wenigen Sekunden bis zu knapp einer Stunde pro WU.

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''GPUGRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''approx. credits/day'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Zeit pro Schritt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1458Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 27700 s
! class="dcw_normalTableCell" | 10081
! class="dcw_normalTableCell" | 32.655 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1484Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 31566 s
! class="dcw_normalTableCell" | 8846
! class="dcw_normalTableCell" | 37.137 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 37705
! class="dcw_normalTableCell" | 7406
! class="dcw_normalTableCell" | 44.360 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 760Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 178.13
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 37800s
! class="dcw_normalTableCell" | 7387
! class="dcw_normalTableCell" | 44.513 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Colorful GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1450Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 38300 s
! class="dcw_normalTableCell" | 7290
! class="dcw_normalTableCell" | 45.112 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5877 HGW]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 738Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.89
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 39230s
! class="dcw_normalTableCell" | 7118
! class="dcw_normalTableCell" | 46.154 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5402 woever]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte 9800GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 740Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit HomePre.
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 39800 s
! class="dcw_normalTableCell" | 7016
! class="dcw_normalTableCell" | 46.849 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=6077 JagDoc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 720Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 178.24
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 43940s
! class="dcw_normalTableCell" | 6355
! class="dcw_normalTableCell" | 51.694 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 730MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.80
! class="dcw_normalTableCell" | 6.51
! class="dcw_normalTableCell" | 44300s
! class="dcw_normalTableCell" | 5680
! class="dcw_normalTableCell" | 52ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 50865 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 59.842 ms
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|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 61.460 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 62.537 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Elitegroup Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 700Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32Bit Home Basic
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 54981 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 64.684 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5561 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
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! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.80
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! class="dcw_normalTableCell" | 58800 s
! class="dcw_normalTableCell" | 4580
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! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Elitegroup Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1700Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 700Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64Bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 65231 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 76.74 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5561 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | inno3D Geforce 9600 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP3 32-Bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.84
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 86.191 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5858 Nero24]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 9600 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1625MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 2K SP4 32-Bit
! class="dcw_normalTableCell" | 182.06
! class="dcw_normalTableCell" | 6.4.5
! class="dcw_normalTableCell" | 74163 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 118.6 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=20062 MagicEye04]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.gpugrid.net www.gpugrid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.gpugrid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

== Das Projekt in den Planet 3DNow! News ==

* [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1220518421 BOINC-Projekt PS3Grid nun auch mit CUDA-Support (04.09.2008)]
* [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1223972863 Rasante Aufholjagd des Distributed Computing Teams bei PS3Grid (14.10.2008)]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2009-05-06T16:25:11Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Projektbeschreibung */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
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| {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.gpugrid.net|Name=www.gpugrid.net}}
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|-
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|-
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| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=GPUGRID}}
|}

'''GPUGRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt GPUGRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atomem zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.gpugrid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

{{Stub Erfolge}}

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an GPUGRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008. Am 10.09.2008 wurde schließlich der erste Meilenstein von 1.000.000 Credits erreicht. Zu diesem Zeitpunkt waren 22 Teilnehmer im Team aktiv.

== Teilnahme ==

GPUGRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den früheren Namen "PS3Grid verlieh."

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (Oktober 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
216 Shader: Geforce GTX 260 Core 216
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10]. Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellen Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt, und somit die WUs mit einem Berechnungsfehler abbrechen:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor:''' Device Emulation (CPU)''' (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: '''GeForce 9800 GT''' (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.gpugrid.net/ http://www.gpugrid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro CPU-Kern jeweils eine Work-Unit.

== Rechenzeiten ==

Die Rechenzeiten mit dem neuen Windows-Client 6.45 scheinen zur Version 6.43 minimal erhöht zu sein. Dafür strebt die CPU-Last eines Kerns gegen 0. Die CPU-Zeit variert stark je nach WU und CPU von wenigen Sekunden bis zu knapp einer Stunde pro WU.

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''GPUGRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''approx. credits/day'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Zeit pro Schritt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1458Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 27700 s
! class="dcw_normalTableCell" | 10081
! class="dcw_normalTableCell" | 32.655 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1484Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 31566 s
! class="dcw_normalTableCell" | 8846
! class="dcw_normalTableCell" | 37.137 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 37705
! class="dcw_normalTableCell" | 7406
! class="dcw_normalTableCell" | 44.360 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 760Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 178.13
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 37800s
! class="dcw_normalTableCell" | 7387
! class="dcw_normalTableCell" | 44.513 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Colorful GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1450Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 38300 s
! class="dcw_normalTableCell" | 7290
! class="dcw_normalTableCell" | 45.112 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5877 HGW]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 738Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.89
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 39230s
! class="dcw_normalTableCell" | 7118
! class="dcw_normalTableCell" | 46.154 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5402 woever]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte 9800GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 740Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit HomePre.
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 39800 s
! class="dcw_normalTableCell" | 7016
! class="dcw_normalTableCell" | 46.849 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=6077 JagDoc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 720Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 178.24
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 43940s
! class="dcw_normalTableCell" | 6355
! class="dcw_normalTableCell" | 51.694 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 730MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.80
! class="dcw_normalTableCell" | 6.51
! class="dcw_normalTableCell" | 44300s
! class="dcw_normalTableCell" | 5680
! class="dcw_normalTableCell" | 52ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 50865 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 59.842 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5561 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 61.460 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 62.537 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Elitegroup Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 700Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32Bit Home Basic
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 54981 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 64.684 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5561 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.80
! class="dcw_normalTableCell" | 6.51
! class="dcw_normalTableCell" | 58800 s
! class="dcw_normalTableCell" | 4580
! class="dcw_normalTableCell" | 69.2 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Elitegroup Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1700Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 700Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64Bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.45
! class="dcw_normalTableCell" | 65231 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 76.74 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5561 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | inno3D Geforce 9600 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP3 32-Bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.84
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 86.191 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5858 Nero24]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 9600 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1625MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 2K SP4 32-Bit
! class="dcw_normalTableCell" | 182.06
! class="dcw_normalTableCell" | 6.4.5
! class="dcw_normalTableCell" | 74163 s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 118.6 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=20062 MagicEye04]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.gpugrid.net www.gpugrid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.gpugrid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

== Das Projekt in den Planet 3DNow! News ==

* [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1220518421 BOINC-Projekt PS3Grid nun auch mit CUDA-Support (04.09.2008)]
* [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1223972863 Rasante Aufholjagd des Distributed Computing Teams bei PS3Grid (14.10.2008)]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-08T17:19:49Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Projektbeschreibung */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
| {{Steckbrief Status|?}}
|-
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}
|-
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.ps3grid.net|Name=www.ps3grid.net}}
|-
| {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://www.ps3grid.net/}}
|-
| {{Steckbrief Clients Systeme}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|GPU ([[CUDA]])|Alpha|Beta|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|[[Cell]] (PS3)|-|x|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=PS3GRID}}
|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3Grid/GPUGrid stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

TODO: Hier sollte auf bisher erzielte Erfolge und veröffentlichte Arbeiten des Projekts eingegangen werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der Ps3Grid-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''PS3GRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1404Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 25833s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
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|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
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! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
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|-
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! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
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|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 725 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
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! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36761s
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|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 650 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
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|-
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! class="dcw_normalTableCell" | 675MHz
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! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 49000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 58600s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-08T17:06:43Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Projektbeschreibung */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
| {{Steckbrief Status|?}}
|-
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}
|-
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.ps3grid.net|Name=www.ps3grid.net}}
|-
| {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://www.ps3grid.net/}}
|-
| {{Steckbrief Clients Systeme}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|GPU ([[CUDA]])|Alpha|Beta|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|[[Cell]] (PS3)|-|x|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=PS3GRID}}
|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3Grid/GPUGrid stellt eine Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

TODO: Hier sollte auf bisher erzielte Erfolge und veröffentlichte Arbeiten des Projekts eingegangen werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der Ps3Grid-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''PS3GRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1404Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 25833s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 31734s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_host_detail.php?hostid=7652 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1484Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 29576s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 740MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36300s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5402 woever]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 725 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36700s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36761s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 650 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 43400s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512 OC
! class="dcw_normalTableCell" | 675MHz
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! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
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|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
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! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
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|-
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! class="dcw_normalTableCell" | 1600Mhz
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! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 49000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 58600s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-08T17:05:31Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Projektbeschreibung */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
| {{Steckbrief Status|?}}
|-
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}
|-
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.ps3grid.net|Name=www.ps3grid.net}}
|-
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|-
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|-
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|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=PS3GRID}}
|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3Grid/GPUGrid stellt eine Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Atomabstände aller in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

TODO: Hier sollte auf bisher erzielte Erfolge und veröffentlichte Arbeiten des Projekts eingegangen werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der Ps3Grid-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''PS3GRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1404Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 25833s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 31734s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_host_detail.php?hostid=7652 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1484Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 29576s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 740MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36300s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5402 woever]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 725 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36700s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36761s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 650 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 43400s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512 OC
! class="dcw_normalTableCell" | 675MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1728MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 49000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 58600s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

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|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-08T12:24:26Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Rechenzeiten */

GPUGRID

2008-09-08T12:12:54Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Rechenzeiten */

GPUGRID

2008-09-08T12:11:50Z

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GPUGRID

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GPUGRID

2008-09-08T12:07:39Z

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GPUGRID

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GPUGRID

2008-09-08T12:02:26Z

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GPUGRID

2008-09-08T12:02:01Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Teilnahme */

GPUGRID

2008-09-04T19:34:17Z

HeavyIonsboinc-47381: /* Rechenzeiten */