https://dc.planet3dnow.de/wiki/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=JcworksPlanet 3DNow! Distributed Computing Wiki - Benutzerbeiträge [de]2026-05-13T12:16:59ZBenutzerbeiträgeMediaWiki 1.43.5https://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php?title=POEM@HOME&diff=5199POEM@HOME2009-09-24T05:25:02Z<p>Jcworks: /* Planet 3DNow! */</p>
<hr />
<div><!-- [[Distributed Computing Wiki:Formatvorlage Projekt]] --><br />
{| {{Steckbrief}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Kategorie|Biologie & Medizin}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Betreiber|Forschungszentrum Karlsruhe}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Nationalität|Deutschland|de}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Start|Oktober 2007}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Status|Stabil}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://boinc.fzk.de/poem/|Name=boinc.fzk.de/poem/}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://boinc.fzk.de/poem/}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Clients Systeme}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Clients Architektur|x86|x|x|x|-|-}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=172}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=POEM@HOME}}<br />
|}<br />
<br />
'''POEM@HOME''' ('''P'''rotein '''O'''ptimization with '''E'''nergy '''M'''ethods) befasst sich mit der Vorhersage von Proteinstrukturen, der Interaktion von Proteinen und den Krankheiten, welche durch Proteinfehlfunktionen hervorgerufen werden. Die Ergebnisse werden auch für die Entwicklung neuer Medikamente genutzt.<br />
<br />
== Projektbeschreibung ==<br />
<br />
Proteine sind die Motoren des Lebens. Es sind große Moleküle, bestehend aus zehntausenden Atomen, die einzigartige dreidimensionale Strukturen bilden, welche die Funktion des Proteins bestimmt.<br />
<br />
Zu den Funktionen der Proteine zählen Stoffwechsel, Energieumwandlung (z. B. Photosynthese) und -transport, Signalverarbeitung im Gehirn, Immunreaktionen und vieles mehr. Fehlfunktionen von Proteinen stehen oft im Zusammenhang mit Krankheiten. Bis heute sind tausende Proteine bekannt, die mit Krankheiten in Verbindung stehen, aber von vielen ist die Struktur nicht bekannt.<br />
<br />
Um Proteine zu verstehen, beeinflussen oder gar zu designen, ist es nötig die Proteinstruktur zu kennen und verstehen. Die Struktur auf experimentellem Weg zu ermitteln, ist aber sehr schwierig. Einfacher ist es, die chemische Zusammensetzung eines Proteins zu ermitteln.<br />
<br />
POEM@HOME versucht mittels Berechnungen:<br />
* die Struktur von Proteinen zu ermitteln, die das Protein hat wenn es aktiv ist.<br />
* die Signalverarbeitung bei der Interaktion von Proteinen untereinander zu verstehen.<br />
* Krankheiten zu verstehen, die mit Fehlfunktionen und Verklumpungen von Proteinen zusammenhängen.<br />
* neue Arzneistoffe auf Basis der räumlichen Struktur von biologisch wichtigen Proteinen zu entwickeln.<br />
<br />
POEM@HOME nutzt einen neuen Ansatz, der sich sehr gut für [[Distributed Computing]] eignet. Er basiert auf der Arbeit von [http://de.wikipedia.org/wiki/Anfinsen C. B. Anfinsen], für welche er 1972 den Nobelpreis für Chemie bekommen hat.<br />
<br />
POEM@HOME ist ein rein wissenschaftliches, nicht-kommerzielles Projekt. Alle substanziellen Ergebnisse werden in internationalen Fachmagazinen mit einer Danksagung an die Teilnehmer des Projekts veröffentlicht.<ref>[http://boinc.fzk.de/poem/ Our project in detail]</ref><br />
<br />
== Erfolge des Projekts ==<br />
<br />
Auf der Homepage des Projektes wurden die ersten Berichte über Ergenisse veröffentlicht: [http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage Results December 2007]<br />
Unter anderem sind dies erfolgreiche gefaltete Modelle von HI-Viren.<br />
<br />
Eine Übersicht der Veröffentlichungen die in Zusammenhang mit POEM@HOME stehen, bietet [http://iwrwww1.fzk.de/biostruct/People/ww_pub.htm Publications].<br />
<br />
{{Stub Erfolge}}<br />
<br />
== Planet 3DNow! ==<br />
<br />
Planet 3DNow! nimmt seit dem 19.10.2007 mit einem eigenen Team an POEM@HOME teil und erreichte am 24.10.2007 Platz 1. Im Verlauf des [[Glossar/Race|Races]] ''The bigger POEMathon'' verlor das Team am 23.06.2008 den ersten Platz an das Team Electronic Sports League (ESL), konnte ihn aber am 22.02.2009 nach einer dreimonatigen Aufholjagd morgens gegen 6 Uhr MEZ zurückerobern.<br />
<br />
POEM@HOME wurde bisher zweimal zum [[Projekt des Monats]] gewählt: Im März und November 2008.<br />
<br />
=== Milestones ===<br />
* 05.12.2007: 1 Million [[Credits]]<br />
* 12.02.2008: 5 Millionen Credits<br />
* 06.03.2008: 10 Millionen Credits<br />
* 29.03.2008: 20 Millionen Credits<br />
* 01.06.2008: 30 Millionen Credits<br />
* 16.06.2008: 40 Millionen Credits<br />
* 01.07.2008: 50 Millionen Credits<br />
* 16.09.2008: 60 Millionen Credits<br />
* 23.10.2008: 70 Millionen Credits<br />
* 11.12.2008: 80 Millionen Credits<br />
* 31.12.2008: 90 Millionen Credits<br />
* 18.01.2009: 100 Millionen Credits<br />
* 03.02.2009: 110 Millionen Credits<br />
* 17.02.2009: 120 Millionen Credits<br />
* 02.03.2009: 130 Millionen Credits<br />
* 30.03.2009: 140 Millionen Credits<br />
* 04.05.2009: 150 Millionen Credits<br />
* 20.06.2009: 160 Millionen Credits<br />
* 22.09.2009: 170 Millionen Credits<br />
<br />
== Teilnahme ==<br />
<br />
Die Anmelde-URL lautet: [http://boinc.fzk.de/poem/ http://boinc.fzk.de/poem/]<br />
<br />
Das Projekt wird über die [[Portal:BOINC/Beschreibung|BOINC]]-Plattform betrieben, es sind derzeit keine Besonderheiten beim Betrieb oder der Konfiguration bekannt.<br />
<br />
Die Datenmenge beim Transfer beträgt einmalig knapp 2,8 MB. Bei jeder Work-Unit werden ca. 100 KB herunter- und ~100 KB hochgeladen.<br />
<br />
== Besonderheiten ==<br />
<br />
* Das Projekt unterstützt [[Checkpoints]].<br />
* POEM@HOME vergibt [[Credits#Fixe Credits|fixe Credits]].<br />
* Das [[Quorum]] beträgt 1. Eine [[Work-Unit]] muss somit nur von einem Rechner erfolgreich berechnet werden.<br />
* Die [[Deadline]] bei diesen Projekt beträgt 7 Tage, später abgegebene Work-Units werden u.U. nicht mehr akzeptiert. Die Berechnung sollte also innerhalb dieses Zeitraums abgeschlossen und das Ergebnis dem Projekt vollständig gemeldet werden.<br />
* Die maximale Anzahl an Work-Units ist 500 pro Tag und CPU.<br />
* Vom Betriebssystem her arbeitet Windows XP 32 Bit von den Desktopsystemen am schnellsten. Linux 32 Bit arbeitet ungefähr 3% langsamer als Windows XP. Windows Vista x64 arbeitet ungefähr 8% langsamer als Windows XP und 5% langsamer als Linux 32 Bit.<br />
* Die Work-Units (verschiedene Serien) unterscheiden sich in Berechnungsdauer sowie Speicherauslastung. Zudem ist auch die Berechnungsdauer einer Serie alles andere als konstant. WUs eines Typs bekommen immer die gleiche Anzahl Credits. Die Creditvergabe ändert sich aber von Serie zu Serie. Manche WU-Serien profitieren von mehr L2-Cache, andere von der RAM Bandbreite.<br />
<br />
== Banner ==<br />
<br />
[[Bild:Banner_POEM.png]]<br />
<br />
<br />
== Weblinks ==<br />
<br />
* [http://boinc.fzk.de/poem/ boinc.fzk.de/poem/] - Internetpräsenz des Projekts<br />
* [http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=172 Planet 3DNow! Teamstatistik]<br />
<br />
<br />
== Quellen ==<br />
<references /><br />
<br />
<br />
{{NaviBlock<br />
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC<br />
|Navigationsleiste Nicht-BOINC<br />
}}<br />
<br />
[[Kategorie:Biologie & Medizin]]<br />
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]<br />
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]</div>Jcworkshttps://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php?title=POEM@HOME&diff=5198POEM@HOME2009-09-24T05:23:48Z<p>Jcworks: /* Milestones */</p>
<hr />
<div><!-- [[Distributed Computing Wiki:Formatvorlage Projekt]] --><br />
{| {{Steckbrief}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Kategorie|Biologie & Medizin}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Betreiber|Forschungszentrum Karlsruhe}}<br />
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| {{Steckbrief Nationalität|Deutschland|de}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Start|Oktober 2007}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Status|Stabil}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://boinc.fzk.de/poem/|Name=boinc.fzk.de/poem/}}<br />
|-<br />
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| {{Steckbrief Clients Systeme}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Clients Architektur|x86|x|x|x|-|-}}<br />
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| {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=172}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=POEM@HOME}}<br />
|}<br />
<br />
'''POEM@HOME''' ('''P'''rotein '''O'''ptimization with '''E'''nergy '''M'''ethods) befasst sich mit der Vorhersage von Proteinstrukturen, der Interaktion von Proteinen und den Krankheiten, welche durch Proteinfehlfunktionen hervorgerufen werden. Die Ergebnisse werden auch für die Entwicklung neuer Medikamente genutzt.<br />
<br />
== Projektbeschreibung ==<br />
<br />
Proteine sind die Motoren des Lebens. Es sind große Moleküle, bestehend aus zehntausenden Atomen, die einzigartige dreidimensionale Strukturen bilden, welche die Funktion des Proteins bestimmt.<br />
<br />
Zu den Funktionen der Proteine zählen Stoffwechsel, Energieumwandlung (z. B. Photosynthese) und -transport, Signalverarbeitung im Gehirn, Immunreaktionen und vieles mehr. Fehlfunktionen von Proteinen stehen oft im Zusammenhang mit Krankheiten. Bis heute sind tausende Proteine bekannt, die mit Krankheiten in Verbindung stehen, aber von vielen ist die Struktur nicht bekannt.<br />
<br />
Um Proteine zu verstehen, beeinflussen oder gar zu designen, ist es nötig die Proteinstruktur zu kennen und verstehen. Die Struktur auf experimentellem Weg zu ermitteln, ist aber sehr schwierig. Einfacher ist es, die chemische Zusammensetzung eines Proteins zu ermitteln.<br />
<br />
POEM@HOME versucht mittels Berechnungen:<br />
* die Struktur von Proteinen zu ermitteln, die das Protein hat wenn es aktiv ist.<br />
* die Signalverarbeitung bei der Interaktion von Proteinen untereinander zu verstehen.<br />
* Krankheiten zu verstehen, die mit Fehlfunktionen und Verklumpungen von Proteinen zusammenhängen.<br />
* neue Arzneistoffe auf Basis der räumlichen Struktur von biologisch wichtigen Proteinen zu entwickeln.<br />
<br />
POEM@HOME nutzt einen neuen Ansatz, der sich sehr gut für [[Distributed Computing]] eignet. Er basiert auf der Arbeit von [http://de.wikipedia.org/wiki/Anfinsen C. B. Anfinsen], für welche er 1972 den Nobelpreis für Chemie bekommen hat.<br />
<br />
POEM@HOME ist ein rein wissenschaftliches, nicht-kommerzielles Projekt. Alle substanziellen Ergebnisse werden in internationalen Fachmagazinen mit einer Danksagung an die Teilnehmer des Projekts veröffentlicht.<ref>[http://boinc.fzk.de/poem/ Our project in detail]</ref><br />
<br />
== Erfolge des Projekts ==<br />
<br />
Auf der Homepage des Projektes wurden die ersten Berichte über Ergenisse veröffentlicht: [http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage Results December 2007]<br />
Unter anderem sind dies erfolgreiche gefaltete Modelle von HI-Viren.<br />
<br />
Eine Übersicht der Veröffentlichungen die in Zusammenhang mit POEM@HOME stehen, bietet [http://iwrwww1.fzk.de/biostruct/People/ww_pub.htm Publications].<br />
<br />
{{Stub Erfolge}}<br />
<br />
== Planet 3DNow! ==<br />
<br />
Planet 3DNow! nimmt seit dem 19.10.2007 mit einem eigenen Team an POEM@HOME teil und erreichte am 24.10.2007 Platz 1. Im Verlauf des [[Glossar/Race|Races]] ''The bigger POEMathon'' verlor das Team am 23.06.2008 den ersten Platz an das Team Electronic Sports League (ESL), konnte ihn aber am 22.02.2009 nach einer dreimonatigen Aufholjagd morgens gegen 6 Uhr zurückerobern.<br />
<br />
POEM@HOME wurde bisher zweimal zum [[Projekt des Monats]] gewählt: Im März und November 2008.<br />
<br />
=== Milestones ===<br />
* 05.12.2007: 1 Million [[Credits]]<br />
* 12.02.2008: 5 Millionen Credits<br />
* 06.03.2008: 10 Millionen Credits<br />
* 29.03.2008: 20 Millionen Credits<br />
* 01.06.2008: 30 Millionen Credits<br />
* 16.06.2008: 40 Millionen Credits<br />
* 01.07.2008: 50 Millionen Credits<br />
* 16.09.2008: 60 Millionen Credits<br />
* 23.10.2008: 70 Millionen Credits<br />
* 11.12.2008: 80 Millionen Credits<br />
* 31.12.2008: 90 Millionen Credits<br />
* 18.01.2009: 100 Millionen Credits<br />
* 03.02.2009: 110 Millionen Credits<br />
* 17.02.2009: 120 Millionen Credits<br />
* 02.03.2009: 130 Millionen Credits<br />
* 30.03.2009: 140 Millionen Credits<br />
* 04.05.2009: 150 Millionen Credits<br />
* 20.06.2009: 160 Millionen Credits<br />
* 22.09.2009: 170 Millionen Credits<br />
<br />
== Teilnahme ==<br />
<br />
Die Anmelde-URL lautet: [http://boinc.fzk.de/poem/ http://boinc.fzk.de/poem/]<br />
<br />
Das Projekt wird über die [[Portal:BOINC/Beschreibung|BOINC]]-Plattform betrieben, es sind derzeit keine Besonderheiten beim Betrieb oder der Konfiguration bekannt.<br />
<br />
Die Datenmenge beim Transfer beträgt einmalig knapp 2,8 MB. Bei jeder Work-Unit werden ca. 100 KB herunter- und ~100 KB hochgeladen.<br />
<br />
== Besonderheiten ==<br />
<br />
* Das Projekt unterstützt [[Checkpoints]].<br />
* POEM@HOME vergibt [[Credits#Fixe Credits|fixe Credits]].<br />
* Das [[Quorum]] beträgt 1. Eine [[Work-Unit]] muss somit nur von einem Rechner erfolgreich berechnet werden.<br />
* Die [[Deadline]] bei diesen Projekt beträgt 7 Tage, später abgegebene Work-Units werden u.U. nicht mehr akzeptiert. Die Berechnung sollte also innerhalb dieses Zeitraums abgeschlossen und das Ergebnis dem Projekt vollständig gemeldet werden.<br />
* Die maximale Anzahl an Work-Units ist 500 pro Tag und CPU.<br />
* Vom Betriebssystem her arbeitet Windows XP 32 Bit von den Desktopsystemen am schnellsten. Linux 32 Bit arbeitet ungefähr 3% langsamer als Windows XP. Windows Vista x64 arbeitet ungefähr 8% langsamer als Windows XP und 5% langsamer als Linux 32 Bit.<br />
* Die Work-Units (verschiedene Serien) unterscheiden sich in Berechnungsdauer sowie Speicherauslastung. Zudem ist auch die Berechnungsdauer einer Serie alles andere als konstant. WUs eines Typs bekommen immer die gleiche Anzahl Credits. Die Creditvergabe ändert sich aber von Serie zu Serie. Manche WU-Serien profitieren von mehr L2-Cache, andere von der RAM Bandbreite.<br />
<br />
== Banner ==<br />
<br />
[[Bild:Banner_POEM.png]]<br />
<br />
<br />
== Weblinks ==<br />
<br />
* [http://boinc.fzk.de/poem/ boinc.fzk.de/poem/] - Internetpräsenz des Projekts<br />
* [http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=172 Planet 3DNow! Teamstatistik]<br />
<br />
<br />
== Quellen ==<br />
<references /><br />
<br />
<br />
{{NaviBlock<br />
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC<br />
|Navigationsleiste Nicht-BOINC<br />
}}<br />
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[[Kategorie:Biologie & Medizin]]<br />
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]<br />
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]</div>Jcworkshttps://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php?title=POEM@HOME&diff=5167POEM@HOME2009-08-22T22:11:41Z<p>Jcworks: /* Milestones */</p>
<hr />
<div><!-- [[Distributed Computing Wiki:Formatvorlage Projekt]] --><br />
{| {{Steckbrief}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Kategorie|Biologie & Medizin}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Betreiber|Forschungszentrum Karlsruhe}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Nationalität|Deutschland|de}}<br />
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| {{Steckbrief Start|Oktober 2007}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Status|Stabil}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://boinc.fzk.de/poem/|Name=boinc.fzk.de/poem/}}<br />
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| {{Steckbrief Clients Systeme}}<br />
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| {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=172}}<br />
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| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=POEM@HOME}}<br />
|}<br />
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'''POEM@HOME''' ('''P'''rotein '''O'''ptimization with '''E'''nergy '''M'''ethods) befasst sich mit der Vorhersage von Proteinstrukturen, der Interaktion von Proteinen und den Krankheiten, welche durch Proteinfehlfunktionen hervorgerufen werden. Die Ergebnisse werden auch für die Entwicklung neuer Medikamente genutzt.<br />
<br />
== Projektbeschreibung ==<br />
<br />
Proteine sind die Motoren des Lebens. Es sind große Moleküle, bestehend aus zehntausenden Atomen, die einzigartige dreidimensionale Strukturen bilden, welche die Funktion des Proteins bestimmt.<br />
<br />
Zu den Funktionen der Proteine zählen Stoffwechsel, Energieumwandlung (z. B. Photosynthese) und -transport, Signalverarbeitung im Gehirn, Immunreaktionen und vieles mehr. Fehlfunktionen von Proteinen stehen oft im Zusammenhang mit Krankheiten. Bis heute sind tausende Proteine bekannt, die mit Krankheiten in Verbindung stehen, aber von vielen ist die Struktur nicht bekannt.<br />
<br />
Um Proteine zu verstehen, beeinflussen oder gar zu designen, ist es nötig die Proteinstruktur zu kennen und verstehen. Die Struktur auf experimentellem Weg zu ermitteln, ist aber sehr schwierig. Einfacher ist es, die chemische Zusammensetzung eines Proteins zu ermitteln.<br />
<br />
POEM@HOME versucht mittels Berechnungen:<br />
* die Struktur von Proteinen zu ermitteln, die das Protein hat wenn es aktiv ist.<br />
* die Signalverarbeitung bei der Interaktion von Proteinen untereinander zu verstehen.<br />
* Krankheiten zu verstehen, die mit Fehlfunktionen und Verklumpungen von Proteinen zusammenhängen.<br />
* neue Arzneistoffe auf Basis der räumlichen Struktur von biologisch wichtigen Proteinen zu entwickeln.<br />
<br />
POEM@HOME nutzt einen neuen Ansatz, der sich sehr gut für [[Distributed Computing]] eignet. Er basiert auf der Arbeit von [http://de.wikipedia.org/wiki/Anfinsen C. B. Anfinsen], für welche er 1972 den Nobelpreis für Chemie bekommen hat.<br />
<br />
POEM@HOME ist ein rein wissenschaftliches, nicht-kommerzielles Projekt. Alle substanziellen Ergebnisse werden in internationalen Fachmagazinen mit einer Danksagung an die Teilnehmer des Projekts veröffentlicht.<ref>[http://boinc.fzk.de/poem/ Our project in detail]</ref><br />
<br />
== Erfolge des Projekts ==<br />
<br />
Auf der Homepage des Projektes wurden die ersten Berichte über Ergenisse veröffentlicht: [http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage Results December 2007]<br />
Unter anderem sind dies erfolgreiche gefaltete Modelle von HI-Viren.<br />
<br />
Eine Übersicht der Veröffentlichungen die in Zusammenhang mit POEM@HOME stehen, bietet [http://iwrwww1.fzk.de/biostruct/People/ww_pub.htm Publications].<br />
<br />
{{Stub Erfolge}}<br />
<br />
== Planet 3DNow! ==<br />
<br />
Planet 3DNow! nimmt seit dem 19.10.2007 mit einem eigenen Team an POEM@HOME teil und erreichte am 24.10.2007 Platz 1. Im Verlauf des [[Glossar/Race|Races]] ''The bigger POEMathon'' verlor das Team am 23.06.2008 den ersten Platz an das Team Electronic Sports League (ESL), konnte ihn aber am 22.02.2009 nach einer dreimonatigen Aufholjagd morgens gegen 6 Uhr zurückerobern.<br />
<br />
POEM@HOME wurde bisher zweimal zum [[Projekt des Monats]] gewählt: Im März und November 2008.<br />
<br />
=== Milestones ===<br />
* 05.12.2007: 1 Million [[Credits]]<br />
* 12.02.2008: 5 Millionen Credits<br />
* 06.03.2008: 10 Millionen Credits<br />
* 29.03.2008: 20 Millionen Credits<br />
* 01.06.2008: 30 Millionen Credits<br />
* 16.06.2008: 40 Millionen Credits<br />
* 01.07.2008: 50 Millionen Credits<br />
* 16.09.2008: 60 Millionen Credits<br />
* 23.10.2008: 70 Millionen Credits<br />
* 11.12.2008: 80 Millionen Credits<br />
* 31.12.2008: 90 Millionen Credits<br />
* 18.01.2009: 100 Millionen Credits<br />
* 03.02.2009: 110 Millionen Credits<br />
* 17.02.2009: 120 Millionen Credits<br />
* 02.03.2009: 130 Millionen Credits<br />
* 30.03.2009: 140 Millionen Credits<br />
* 04.05.2009: 150 Millionen Credits<br />
* 20.06.2009: 160 Millionen Credits<br />
<br />
== Teilnahme ==<br />
<br />
Die Anmelde-URL lautet: [http://boinc.fzk.de/poem/ http://boinc.fzk.de/poem/]<br />
<br />
Das Projekt wird über die [[Portal:BOINC/Beschreibung|BOINC]]-Plattform betrieben, es sind derzeit keine Besonderheiten beim Betrieb oder der Konfiguration bekannt.<br />
<br />
Die Datenmenge beim Transfer beträgt einmalig knapp 2,8 MB. Bei jeder Work-Unit werden ca. 100 KB herunter- und ~100 KB hochgeladen.<br />
<br />
== Besonderheiten ==<br />
<br />
* Das Projekt unterstützt [[Checkpoints]].<br />
* POEM@HOME vergibt [[Credits#Fixe Credits|fixe Credits]].<br />
* Das [[Quorum]] beträgt 1. Eine [[Work-Unit]] muss somit nur von einem Rechner erfolgreich berechnet werden.<br />
* Die [[Deadline]] bei diesen Projekt beträgt 7 Tage, später abgegebene Work-Units werden u.U. nicht mehr akzeptiert. Die Berechnung sollte also innerhalb dieses Zeitraums abgeschlossen und das Ergebnis dem Projekt vollständig gemeldet werden.<br />
* Die maximale Anzahl an Work-Units ist 500 pro Tag und CPU.<br />
* Vom Betriebssystem her arbeitet Windows XP 32 Bit von den Desktopsystemen am schnellsten. Linux 32 Bit arbeitet ungefähr 3% langsamer als Windows XP. Windows Vista x64 arbeitet ungefähr 8% langsamer als Windows XP und 5% langsamer als Linux 32 Bit.<br />
* Die Work-Units (verschiedene Serien) unterscheiden sich in Berechnungsdauer sowie Speicherauslastung. Zudem ist auch die Berechnungsdauer einer Serie alles andere als konstant. WUs eines Typs bekommen immer die gleiche Anzahl Credits. Die Creditvergabe ändert sich aber von Serie zu Serie. Manche WU-Serien profitieren von mehr L2-Cache, andere von der RAM Bandbreite.<br />
<br />
== Banner ==<br />
<br />
[[Bild:Banner_POEM.png]]<br />
<br />
<br />
== Weblinks ==<br />
<br />
* [http://boinc.fzk.de/poem/ boinc.fzk.de/poem/] - Internetpräsenz des Projekts<br />
* [http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=172 Planet 3DNow! Teamstatistik]<br />
<br />
<br />
== Quellen ==<br />
<references /><br />
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{{NaviBlock<br />
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC<br />
|Navigationsleiste Nicht-BOINC<br />
}}<br />
<br />
[[Kategorie:Biologie & Medizin]]<br />
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]<br />
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]</div>Jcworkshttps://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php?title=POEM@HOME&diff=5166POEM@HOME2009-08-22T22:06:31Z<p>Jcworks: /* Planet 3DNow! */</p>
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<div><!-- [[Distributed Computing Wiki:Formatvorlage Projekt]] --><br />
{| {{Steckbrief}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Kategorie|Biologie & Medizin}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Betreiber|Forschungszentrum Karlsruhe}}<br />
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| {{Steckbrief Nationalität|Deutschland|de}}<br />
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| {{Steckbrief Start|Oktober 2007}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Status|Stabil}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://boinc.fzk.de/poem/|Name=boinc.fzk.de/poem/}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://boinc.fzk.de/poem/}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Clients Systeme}}<br />
|-<br />
| {{Steckbrief Clients Architektur|x86|x|x|x|-|-}}<br />
|-<br />
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|-<br />
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|}<br />
<br />
'''POEM@HOME''' ('''P'''rotein '''O'''ptimization with '''E'''nergy '''M'''ethods) befasst sich mit der Vorhersage von Proteinstrukturen, der Interaktion von Proteinen und den Krankheiten, welche durch Proteinfehlfunktionen hervorgerufen werden. Die Ergebnisse werden auch für die Entwicklung neuer Medikamente genutzt.<br />
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== Projektbeschreibung ==<br />
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Proteine sind die Motoren des Lebens. Es sind große Moleküle, bestehend aus zehntausenden Atomen, die einzigartige dreidimensionale Strukturen bilden, welche die Funktion des Proteins bestimmt.<br />
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Zu den Funktionen der Proteine zählen Stoffwechsel, Energieumwandlung (z. B. Photosynthese) und -transport, Signalverarbeitung im Gehirn, Immunreaktionen und vieles mehr. Fehlfunktionen von Proteinen stehen oft im Zusammenhang mit Krankheiten. Bis heute sind tausende Proteine bekannt, die mit Krankheiten in Verbindung stehen, aber von vielen ist die Struktur nicht bekannt.<br />
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Um Proteine zu verstehen, beeinflussen oder gar zu designen, ist es nötig die Proteinstruktur zu kennen und verstehen. Die Struktur auf experimentellem Weg zu ermitteln, ist aber sehr schwierig. Einfacher ist es, die chemische Zusammensetzung eines Proteins zu ermitteln.<br />
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POEM@HOME versucht mittels Berechnungen:<br />
* die Struktur von Proteinen zu ermitteln, die das Protein hat wenn es aktiv ist.<br />
* die Signalverarbeitung bei der Interaktion von Proteinen untereinander zu verstehen.<br />
* Krankheiten zu verstehen, die mit Fehlfunktionen und Verklumpungen von Proteinen zusammenhängen.<br />
* neue Arzneistoffe auf Basis der räumlichen Struktur von biologisch wichtigen Proteinen zu entwickeln.<br />
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POEM@HOME nutzt einen neuen Ansatz, der sich sehr gut für [[Distributed Computing]] eignet. Er basiert auf der Arbeit von [http://de.wikipedia.org/wiki/Anfinsen C. B. Anfinsen], für welche er 1972 den Nobelpreis für Chemie bekommen hat.<br />
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POEM@HOME ist ein rein wissenschaftliches, nicht-kommerzielles Projekt. Alle substanziellen Ergebnisse werden in internationalen Fachmagazinen mit einer Danksagung an die Teilnehmer des Projekts veröffentlicht.<ref>[http://boinc.fzk.de/poem/ Our project in detail]</ref><br />
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== Erfolge des Projekts ==<br />
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Auf der Homepage des Projektes wurden die ersten Berichte über Ergenisse veröffentlicht: [http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage Results December 2007]<br />
Unter anderem sind dies erfolgreiche gefaltete Modelle von HI-Viren.<br />
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Eine Übersicht der Veröffentlichungen die in Zusammenhang mit POEM@HOME stehen, bietet [http://iwrwww1.fzk.de/biostruct/People/ww_pub.htm Publications].<br />
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{{Stub Erfolge}}<br />
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== Planet 3DNow! ==<br />
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Planet 3DNow! nimmt seit dem 19.10.2007 mit einem eigenen Team an POEM@HOME teil und erreichte am 24.10.2007 Platz 1. Im Verlauf des [[Glossar/Race|Races]] ''The bigger POEMathon'' verlor das Team am 23.06.2008 den ersten Platz an das Team Electronic Sports League (ESL), konnte ihn aber am 22.02.2009 nach einer dreimonatigen Aufholjagd morgens gegen 6 Uhr zurückerobern.<br />
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POEM@HOME wurde bisher zweimal zum [[Projekt des Monats]] gewählt: Im März und November 2008.<br />
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=== Milestones ===<br />
* 05.12.2007: 1 Million [[Credits]]<br />
* 29.03.2008: 20 Millionen Credits<br />
* 01.07.2008: 50 Millionen Credits<br />
* 18.01.2009: 100 Millionen Credits<br />
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== Teilnahme ==<br />
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Die Anmelde-URL lautet: [http://boinc.fzk.de/poem/ http://boinc.fzk.de/poem/]<br />
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Das Projekt wird über die [[Portal:BOINC/Beschreibung|BOINC]]-Plattform betrieben, es sind derzeit keine Besonderheiten beim Betrieb oder der Konfiguration bekannt.<br />
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Die Datenmenge beim Transfer beträgt einmalig knapp 2,8 MB. Bei jeder Work-Unit werden ca. 100 KB herunter- und ~100 KB hochgeladen.<br />
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== Besonderheiten ==<br />
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* Das Projekt unterstützt [[Checkpoints]].<br />
* POEM@HOME vergibt [[Credits#Fixe Credits|fixe Credits]].<br />
* Das [[Quorum]] beträgt 1. Eine [[Work-Unit]] muss somit nur von einem Rechner erfolgreich berechnet werden.<br />
* Die [[Deadline]] bei diesen Projekt beträgt 7 Tage, später abgegebene Work-Units werden u.U. nicht mehr akzeptiert. Die Berechnung sollte also innerhalb dieses Zeitraums abgeschlossen und das Ergebnis dem Projekt vollständig gemeldet werden.<br />
* Die maximale Anzahl an Work-Units ist 500 pro Tag und CPU.<br />
* Vom Betriebssystem her arbeitet Windows XP 32 Bit von den Desktopsystemen am schnellsten. Linux 32 Bit arbeitet ungefähr 3% langsamer als Windows XP. Windows Vista x64 arbeitet ungefähr 8% langsamer als Windows XP und 5% langsamer als Linux 32 Bit.<br />
* Die Work-Units (verschiedene Serien) unterscheiden sich in Berechnungsdauer sowie Speicherauslastung. Zudem ist auch die Berechnungsdauer einer Serie alles andere als konstant. WUs eines Typs bekommen immer die gleiche Anzahl Credits. Die Creditvergabe ändert sich aber von Serie zu Serie. Manche WU-Serien profitieren von mehr L2-Cache, andere von der RAM Bandbreite.<br />
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== Banner ==<br />
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[[Bild:Banner_POEM.png]]<br />
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== Weblinks ==<br />
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* [http://boinc.fzk.de/poem/ boinc.fzk.de/poem/] - Internetpräsenz des Projekts<br />
* [http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=172 Planet 3DNow! Teamstatistik]<br />
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== Quellen ==<br />
<references /><br />
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{{NaviBlock<br />
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC<br />
|Navigationsleiste Nicht-BOINC<br />
}}<br />
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[[Kategorie:Biologie & Medizin]]<br />
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]<br />
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]</div>Jcworks