Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki - Benutzerbeiträge [de]

Malariacontrol.net

2014-10-30T08:26:20Z

Unterstudienrat: /* Planet 3DNow! */

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'''Malariacontrol.net''' ist ein Projekt einer Kooperation der Universität Genf, des Schweizer Tropeninstituts, des CERN, der Universität Cheikh Anta Diop aus dem Senegal und einiger anderer Organisationen, das sich mit der Ausbreitung und den Auswirkungen von Malaria befasst.

== Projektbeschreibung ==

Malariacontrol berechnet Modelle zur Ausbreitung von Malaria und ihrer gesundheitlicher Auswirkungen. Die Ergebnisse sollen verwendet werden, um die Verteilung von Moskitonetzen, Chemotherapie und neuen Medikamenten effektiver zu koordinieren. Dieses Projekt erforscht selbst keine Medikamente gegen Malaria.

Das Schweizer Tropeninstitut hat ein Modell der Malariaepidemiologie entwickelt und nutzt die hauseigenen Kapazitäten um grundlegende Studien durchzuführen. Da die Simulationen aber sehr rechenintensiv sind - große Bevölkerungsgruppen und eine Vielzahl von biologischen und sozialen Faktoren müssen berücksichtigt werden - wird eine viel höhere Rechenleistung benötigt. An dieser Stelle kommt Malaricontrol.net ins Spiel, das die Rechenleistung möglichst vieler freiwilliger Helfer bündeln soll um die Vorhersagen der Forscher bezüglich der Ausbreitung von Malaria in Afrika zu verbessern.

Ein weiteres wesentliches Ziel des Projektes ist es, afrikanische Universitäten und Institutionen bei der Entwicklung und Nutzung der Anwendungen miteinzubinden. Der Grund dafür dürfte sein, dass ein Großteil der Rechenleistung von Anwendern in den entwickelten Ländern, vor allem aus Nordamerika und Europa stammt.

Derzeit arbeitet des Projekt mit vier verschiedenen Anwendungen.

Malariacontrol.net hat auch den Quellcode der neuen wissenschaftlichen Anwendung auf Google Code veröffentlicht, siehe Weblinks.

== Erfolge des Projekts ==

Unter dem Titel "Modelling the Epidemiological Impact of Intermittent Preventive Treatment against Malaria in Infants" wurde mittlerweile der erste wissenschaftliche Artikel veröffentlicht, der auf den Berechnungen von Malariacotrol.net basiert.
Der Artikel handelt von der Wirksamkeit der vorbeugenden Behandlung von Malaria bei Kindern.
Siehe auch: http://www.plosone.org/journals/plosone/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0002661.
Im zweiten Quartal 2009 wurde ein Artikel auf [http://www.malariajournal.com/content/8/1/127 www.malariajournal.com] veröffentlicht, der auf den durchgeführten Berechnungen des Sommers 2008 basiert. In diesem Artikel geht es um die Kostengünstigkeit verschiedener Malariaimpfstoffe.
Die Ergebnisse der Anwendung "Prediction of Malaria Prevalence" wurden 2009 unter dem Titel "Mapping malaria risk in West Africa using a Bayesian nonparametric non-stationary model" in "Computational Statistics and Data Analysis 53: 3358-3371" veröffentlicht.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 11.01.2007 mit einem eigenen Team an Malariacontrol.net teil. Die ersten 100.000 [[Credits]] wurden am 27.04.2007, die erste Million am 08.07.2008 erreicht. Am 14.02.2010 wurde die Marke von fünf Millionen Credits erreicht.

Malariacontrol.net wurde für den August 2008 zum [[Projekt des Monats]] gewählt. In diesem Zeitraum wurden über 736.000 Credits durch das Team errechnet. Planet 3DNow! konnte dadurch von Platz 37 auf Platz 29 klettern.

Seit Juli 2014 ist unser Team unter den Top10 bei dem Projekt

== Teilnahme ==

Das Projekt wird über die BOINC-Plattform betrieben, die URL zur Anmeldung lautet http://www.malariacontrol.net/.

Bei der ersten Anmeldung werden ca. 8 MByte Daten übertragen. Die Größe der [[Work-Unit|Work-Units]] beträgt im Download 20 bis 64 KByte, im Upload bis zu 100 KByte.

== Besonderheiten ==

Nach einer größeren Überarbeitung im Jahr 2010 verfügt das Projekt nun über sechs Anwendungen, deren Quellcode z.T offen zugänglich ist. In den Projekteinstellungen kann man wählen, welche Anwendungen berechnet werden soll. Ein Q8200 ist mit Linux 64-Bit ca. 10% schneller als ein Q8200 mit XP 64-Bit.
* openMalaria test version: Hiermit werden neue Versionen getestet. Work Units sind nur selten verfügbar. Diese Anwendung muss in den Einstellungen explizit ausgewählt werden (opt in).
* openMalaria: A simulator of malaria epidemology and control, "Branch A" and "Branch B": Dies sind die neuen Hauptanwendungen des Projekts. WUs sind für Windows (32-Bit), Linux (32- und 64-Bit) sowie für Mac OS X (Intel) verfügbar. Die Größe der App im Download beträgt 6,6 MByte für Linux, bzw. 3 MByte für Windows.
* Die ehemalige Hauptanwendung ist "malariacontrol.net". Die Projektbetreiber gehen davon aus, dass diese Anwendung zukünftig nicht mehr benötigt wird.
* "Prediction of Malaria Prevalence": Ziel ist es, die Ausbreitung von Malaria vorherzusagen. Die Betreiber gehen davon aus, dass diese Anwendung nicht mehr verwendet wird.
* "Estimation of parameters of infection dynamics": Auch diese Anwendung ist derzeit inaktiv.
* Das Projekt unterstützt [[Checkpoints]].
* Pro Work-Unit wird der Arbeitsspeicher mit bis zu 100 MByte belastet.
* Das [[Quorum]] beträgt 2, d. h. eine Work-Unit muss von zwei Rechnern bearbeitet werden, bevor die Credits vergeben werden.
* Die [[Deadline]], innerhalb der die Berechnung abgeschlossen und vollständig zurückgemeldet werden muss, beträgt bei der Standard-Anwendung 3 Tage, 11 Stunden und 20 Minuten.
* Creditvergabe: Bei Malariacontrol.net wird die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall, wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt.

== Banner ==

[[Bild:Banner_Malaria.png]]

== Weblinks ==

* [http://africa-at-home.web.cern.ch africa-at-home.web.cern.ch] - Africa@Home
* [http://www.malariacontrol.net www.malariacontrol.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://code.google.com/p/openmalaria/ code.google.com/p/openmalaria/] - Quellcode der wissenschaftlichen Anwendung
* [http://www.malariacontrol.net/team_display.php?teamid=426 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Biologie & Medizin]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

SIMAP

2014-10-30T08:21:08Z

Unterstudienrat: /* Planet 3DNow! */

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|-
| {{Steckbrief Kategorie|Biologie & Medizin}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Universität Wien, TU München, Helmholtz-Zentrum München}}
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| {{Steckbrief Start|Dezember 2005}}
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|}

'''SIMAP''' ('''Si'''milarity '''Ma'''trix of '''P'''roteins) ist ein Projekt der TU München, welches der Erstellung einer Datenbank dient, in der die Ähnlichkeiten zwischen Proteinsequenzen gespeichert werden.

== Projektbeschreibung ==

Bisher sind mehrere Millionen verschiedene Proteinsequenzen bekannt - zuviel um jedes Protein einzeln eingehend zu untersuchen. Glücklicherweise haben Proteine, die sich ähneln, meist auch ähnliche Eigenschaften und Funktionen. Deshalb überträgt man experimentelle Erkenntnisse, die für ein bestimmtes Protein gewonnen wurden, auch auf dessen Verwandte.

Die Ähnlichkeit von Proteinen wird nicht nur für die Funktionsvorhersage von Proteinen genutzt, sondern auch für viele weitere Methoden der Bioinformatik. Die Ähnlichkeiten nicht jedes Mal neu berechnen zu müssen, würde eine erhebliche Zeitersparnis bedeuten.

Jedoch fehlte bisher ein komplettes Verzeichnis aller Proteine und ihrer Ähnlichkeiten untereinander. Das bisher größte Verzeichnis dieser Art, das Projekt clustr am European Bioinformatics Institute, umfasst derzeit ca. 800.000 von ca. 4 Millionen bekannten Proteinen.

SIMAP erstellt dagegen ein Verzeichnis ''aller'' bekannten Proteine und stellt es Forschung und Lehre vollständig kostenlos zur Verfügung. Man kann sich das Projekt als eine Matrix mit ca. 4 Millionen Spalten und ebenso vielen Zeilen vorstellen. Der Inhalt der Matrix ist symmetrisch, d. h. ist Protein 1 dem Protein 2 ähnlich, so ist auch Protein 2 dem Protein 1 ähnlich.

Ständig werden neue Proteine entdeckt und auch die Modelle werden ständig erweitert und aktualisiert. Das Verzeichnis aktuell zu halten, erfordert deshalb einen enormen Rechenaufwand, dem die vorhandenen Hochleistungsrechner der TU München nicht gewachsen sind. Deshalb wird auf [[Distributed Computing]] gesetzt.

Betrieben wird SIMAP als Gemeinschaftsprojekt des GSF-Forschungszentrums für Gesundheit und Umwelt in Neuherberg bei München und der Technischen Universität München, Wissenschaftszentrum Weihenstephan. Ansprechpartner ist Thomas Rattei vom Lehrstuhl für Genomorientierte Bioinformatik.<ref>[http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/project.php Über das SIMAP Projekt]</ref>

'''Am 30.05.2014 wurde von den Betreibern verkündet, dass SIMAP sich Ende 2014 nach 10 Jahren von der BOINC Plattform zurückziehen wird.'''

== Erfolge des Projekts ==

Dank des grossen Interesses der internationalen Cruncher-Gemeinschaft konnten die Datenbestände des Projekts bereits abgearbeitet werden.
Inzwischen werden meist nur noch zu Beginn jeden Monats neue Proteinsequenzen zur Berechnung verteilt werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 13.06.2006 mit einem eigenen Team an SIMAP teil und erreichte am 11.09.2006 Platz 1.

Im Oktober 2007 konnte Planet3Dnow! als erstes Team die "Schallmauer" von 10 Millionen [[Credits]] überschreiten.

SIMAP wurde für den Februar 2008 zum [[Projekt des Monats]] gewählt. Im Verlauf dieser Aktion wurde die Marke von 25 Millionen Credits erreicht.

Am 12.12. 2010 überschritt das Team die Marke von 100 Millionen errechneten Credits.

Zum Ende des Projektes (31.12.2014) im Dc-Bereich wird unser Team mit ~430.000.000 Credits als No.1 das Projekt abschließen

== Teilnahme ==

Um an SIMAP teilzunehmen, muss man [[Portal:BOINC/Beschreibung|BOINC]] installieren. Eine Installationsanleitung findet sich im Artikel [[Portal:BOINC/Installation|Installation von BOINC]].

SIMAP ist auf nahezu allen Computern lauffähig, profitiert allerdings - im Gegensatz zu vielen anderen Projekten - von erweiterten CPU Befehlssätzen wie [[SSE]].

Clients sind für Windows, Linux, Mac und etliche Unix-Derivate wie etwa Solaris und BSD verfügbar.

Die Datenmenge beim Transfer beträgt einmalig knapp 1,5 MB. Bei jeder [[Work-Unit]] werden ca. 2 MB herunter- und 0,5 MB hochgeladen.

== Besonderheiten ==

* Das Projekt unterstützt [[Checkpoints]].
* SIMAP vergibt [[Credits#Fixe Credits|fixe Credits]].
* Es gibt zwei verschieden Anwendungen: SIMAP zum Proteinsequenzenvergleich und HMMER (''Hidden Markov Models'') für deren Domänen.
* Die WU Länge fällt in die Kategorie "klein", sie liegt zwischen ~30min (A64 2,5GHz) und ~3h (P3 1GHz).
* Das [[Quorum]] beträgt 2. Eine Work-Unit muss also von zwei Rechnern erfolgreich berechnet werden, bevor diese Rechner Credits gut geschrieben bekommen.
* Die [[Deadline]] bei diesem Projekt beträgt 7 Tage, später abgegebene Work-Units werden nicht mehr akzeptiert. Die Berechnung muss innerhalb dieses Zeitraums abgeschlossen und das Ergebnis dem Projekt vollständig gemeldet werden.
* Die maximale Anzahl an Work-Units liegt bei 60 WUs pro Kern (auch virtuelle).
* SIMAP profitiert wenig von einer hohen Speicherbandbreite und einem großen CPU-Cache, nutzt aber Befehlssatzerweiterungen ([[SSE]], [[SSE2]], [[SSE3]], [[MMX]], [[3DNow!]] etc.).
* Für Rechner, die kein SSE unterstützen (i386 wie z. B. AMD Athlon Thunderbird), können [http://boincsimap.org/boincsimap/appdownloads.php angepasste Anwendungen] manuell installiert werden. Für Linux und Windows gibt es 64-Bit-Clients, die ca. 10-15% schneller sind als der Standard-Client für Windows. Auch für andere Sonderfälle gibt es Anwendungen.
* SIMAP ist ein periodisches Projekt. Es gibt hauptsächlich am Monatsanfang WUs, deren Menge je nach Umfang des Updates des Verzeichnis schwankt. Um eine gleichmäßigere Verteilung zu erhalten werden ~2000 neue WUs dann alle 10 Minuten zum Download freigegeben.

== Banner ==

[[Bild:Banner SIMAP.png]]

== Weblinks ==

* [http://boincsimap.org/boincsimap/ boincsimap.org/boincsimap/] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://boincsimap.org/boincsimap/team_display.php?teamid=783 Planet 3DNow! Teamstatistik]

== Quellen ==
<references />

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Biologie & Medizin]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

Datei:Boinc install15.GIF

2009-02-15T09:22:34Z

Unterstudienrat:

Portal:Folding@Home/Installation/Windows-SMP-Client

2007-12-13T20:15:54Z

Unterstudienrat:

Was wird alles benötigt?

Net Framework 2.0 [http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?displaylang=de&FamilyID=0856eacb-4362-4b0d-8edd-aab15c5e04f5]

Der SMP Clienten [http://www.stanford.edu/~kasson/folding/Folding@Home%20Windows%20SMP%20Client.EXE]

Als erstes solltet Ihr Net Framework 2.0 installieren, falls es nicht schon vorhanden ist.

Der SMP Client hat die dumme Eigenart, das er Adminrechte vorraussetzt und ein Passwort verlangt (leider).
Das ist aber eigendlich schnell gemacht in der Benutzerverwaltung und ein Zeichen (z.B. ein A) reicht vollkommen aus.

Dann den SMP Clienten installieren, die Configuration läuft über ein DOS Fenster.
Bevor Ihr den Clienten startet, müßt Ihr unbedingt die "install.bat" im F@H Ordner einmal starten, dort den Admin eingeben und 2x das Passwort.
Das ganze steht aber auch in der "readme.rtf" in F@H Ordner noch mal zum nachlesen auf "Auswärts".

Dann könnet Ihr die '''"fah.exe"''' starten, ich habe mir dafür eine Verknüpfung auf dem Desktop eingerichtet.

Jetzt noch '''eine Eigenart''', wenn die WU fertig ist kommt automatisch eine neu, das könnt Ihr unterbinden indem Ihr mit der rechten Maustaste auf die Verknüpfung klickt,
dann Eigenschaften,
in dem sich öffnenden Fenster den Karteikartenreiter "Verknüpfung" wählt
und dort unter ZIEL: an die Zeile "mit einem Leerschritt" das Atribut '''-oneunit''' zufügt.

Dann sollte eigendlich alles laufen, viel Spaß beim Falten

Portal:Folding@Home/Installation/Windows-SMP-Client

2007-12-13T20:13:23Z

Unterstudienrat: Die Seite wurde neu angelegt: Was wird alles benötigt? Net Framework 2.0 [http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?displaylang=de&FamilyID=0856eacb-4362-4b0d-8edd-aab15c5e04f5] Der SMP Clie...

Was wird alles benötigt?
Net Framework 2.0 [http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?displaylang=de&FamilyID=0856eacb-4362-4b0d-8edd-aab15c5e04f5]

Der SMP Clienten [http://www.stanford.edu/~kasson/folding/Folding@Home%20Windows%20SMP%20Client.EXE]

Als erstes solltet Ihr Net Framework 2.0 installieren, falls es nicht schon vorhanden ist.

Der SMP Client hat die dumme Eigenart, das er Adminrechte vorraussetzt und ein Passwort verlangt (leider).
Das ist aber eigendlich schnell gemacht in der Benutzerverwaltung und ein Zeichen (z.B. ein A) reicht vollkommen aus.

Dann den SMP Clienten installieren, die Configuration läuft über ein DOS Fenster.
Bevor Ihr den Clienten startet, müßt Ihr unbedingt die "install.bat" im F@H Ordner einmal starten, dort den Admin eingeben und 2x das Passwort.
Das ganze steht aber auch in der "readme.rtf" in F@H Ordner noch mal zum nachlesen auf "Auswärts".

Dann könnet Ihr die '''"fah.exe"''' starten, ich habe mir dafür eine Verknüpfung auf dem Desktop eingerichtet.

Jetzt noch '''eine Eigenart''', wenn die WU fertig ist kommt automatisch eine neu, das könnt Ihr unterbinden indem Ihr mit der rechten Maustaste auf die Verknüpfung klickt,
dann Eigenschaften,
in dem sich öffnenden Fenster den Karteikartenreiter "Verknüpfung" wählt
und dort unter ZIEL: an die Zeile "mit einem Leerschritt" das Atribut '''-oneunit''' zufügt.

Dann sollte eigendlich alles laufen, viel Spaß beim Falten