Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki - Benutzerbeiträge [de]

GPUGRID

2008-09-14T19:23:05Z

Woever: /* Nutzung aller Cores (x CPU + x GPU) */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
| {{Steckbrief Status|?}}
|-
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}
|-
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.ps3grid.net|Name=www.ps3grid.net}}
|-
| {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://www.ps3grid.net/}}
|-
| {{Steckbrief Clients Systeme}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|GPU ([[CUDA]])|Alpha|Beta|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|[[Cell]] (PS3)|-|x|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=PS3GRID}}
|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3GRID/GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

Am September 6, 2008 hat das Projekt PS3GRID-GPUGRID die Marke von 1.000.000 Credits pro Tag erreicht.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

Am 10.09.2008 erreichte der grüne Planet seine ersten 1.000.000 Credits, 22 Active members waren gemeldet.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] . Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

'''''Update :''''' seit dem 12.09.2008 wird für die Gridberechnung unter Linux ''kein'' kompletter Kern mehr beansprucht! Windows User müssen noch warten bis der 6.3.11´er Boinc Manager da ist.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der PS3GRID-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''PS3GRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Zeit pro Schritt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1458Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 25150s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1484Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 29576s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 31734s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_host_detail.php?hostid=7652 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Colorful GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1.450Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1.215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 32705s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5877 HGW]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 796Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1976hz
! class="dcw_normalTableCell" | 1137Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 33567s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5402 woever]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte 9800GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 740Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit HomePre.
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36550s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=6077 JagDoc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 725 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36700s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36761s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 650 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 43400s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 729MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 44800s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/results.php?hostid=8437 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 730MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 53,181ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 49000s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 69,402 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | inno3D Geforce 9600 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP3 32-Bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.84
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 86191s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5858 Nero24]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Nutzung aller Cores (x CPU + x GPU) ==
folgende Änderung ist notwendig, bis ein angepasster Boinc-Client herausgebracht wird.

Durch Verwendung eines Flags in der cc_config.xml kann man z.B. bei einem Quad Core "5" Kerne crunchen lassen. Sprich 4x CPU 1x GPU. (Sonst nur 3x CPU 1x GPU möglich).

Zuerst den Boincmanager / Boinc komplett schließen.

Falls die Datei''' cc_config.xml''' nicht in eurem boinc-ordner (Datenordner, bei den neueren Boincs ist dieser getrennt vom Programmordner, meist unter Anwendungsdaten zu finden'' [Bitte jemand mal konkretisieren, ich hab das nicht im Kopf wo die Ordner unter XP und Vista genau sind]'' existiert, einfach anlegen (einfache Textdatei z.B. mit Notepad, Editor, Wordpad).
Unter Vista64 muss die Datei hier angelegt werden: C:\ProgramData\BOINC. Die Datei ist meistens nicht vorhanden und muss dann mit speichern unter.. angelegt werden.

----
<cc_config>

<options>

<ncpus>8</ncpus>

</options>

</cc_config>

----

Danach den Boincmanager / Boinc neu starten. Man sollte nun unter Meldungen die Meldung "Reading preferences override file" sehen und unter "Aufgaben" dass alle Kerne rechnen.

'''Angenehmer Nebeneffekt: Bunkererhöhung'''
Alle Projekte die nur einen Bunker von X WUs/Core zulassen, ziehen sich auch entsprechend mehr. Ich habe z.B. auf 8 Cores erhöht, jetzt laufen 7 Instanzen Spinhenge und eine Ps3Grid. (Frisst natürlich auch mehr RAM und ggf. wird auch die Berechnung verlangsamt weil die CPU / der Speicher zu viel zu tun hat). PS3Grid bunkert z.B. nun auch 8 statt 4 WUs

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-13T15:37:24Z

Woever: /* Rechenzeiten */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=PS3GRID}}
|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3GRID/GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

Am September 6, 2008 hat das Projekt PS3GRID-GPUGRID die Marke von 1.000.000 Credits pro Tag erreicht.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

Am 10.09.2008 erreichte der grüne Planet seine ersten 1.000.000 Credits, 22 Active members waren gemeldet.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] . Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

'''''Update :''''' seit dem 12.09.2008 wird für die Gridberechnung unter Linux ''kein'' kompletter Kern mehr beansprucht! Windows User müssen noch warten bis der 6.3.11´er Boinc Manager da ist.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der PS3GRID-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''PS3GRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Zeit pro Schritt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1458Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
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! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
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! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
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! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
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|-
! class="dcw_normalTableCell" | Colorful GTX 260
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! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
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! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5877 HGW]
|-
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! class="dcw_normalTableCell" | 1137Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
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! class="dcw_normalTableCell" |
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|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte 9800GTX+
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|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 725 Mhz
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! class="dcw_normalTableCell" | 1000 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
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! class="dcw_normalTableCell" |
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|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
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! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
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! class="dcw_normalTableCell" | 36761s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 650 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 43400s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 729MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 44800s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/results.php?hostid=8437 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
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! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 730MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 53,181ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 49000s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 69,402 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | inno3D Geforce 9600 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP3 32-Bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.84
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 86191s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5858 Nero24]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-13T09:00:50Z

Woever: /* Rechenzeiten */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=PS3GRID}}
|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3GRID/GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

TODO: Hier sollte auf bisher erzielte Erfolge und veröffentlichte Arbeiten des Projekts eingegangen werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

Am 10.09.2008 erreichte der grüne Planet seine ersten 1.000.000 Credits, 22 Active members waren gemeldet.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der PS3GRID-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''PS3GRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Zeit pro Schritt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1458Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 25150s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1484Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 29576s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 31734s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_host_detail.php?hostid=7652 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Colorful GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1.450Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1.215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 32705s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5877 HGW]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 796Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1972hz
! class="dcw_normalTableCell" | 1137Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 34300s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5402 woever]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte 9800GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 740Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit HomePre.
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36550s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=6077 JagDoc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 725 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36700s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36761s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 650 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 43400s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 729MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 44800s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/results.php?hostid=8437 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 730MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 53,181ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 49000s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 69,402 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | inno3D Geforce 9600 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP3 32-Bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.84
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 86191s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5858 Nero24]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-13T08:58:33Z

Woever: /* Rechenzeiten */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
| {{Steckbrief Status|?}}
|-
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}
|-
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.ps3grid.net|Name=www.ps3grid.net}}
|-
| {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://www.ps3grid.net/}}
|-
| {{Steckbrief Clients Systeme}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|GPU ([[CUDA]])|Alpha|Beta|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|[[Cell]] (PS3)|-|x|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=PS3GRID}}
|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3GRID/GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

TODO: Hier sollte auf bisher erzielte Erfolge und veröffentlichte Arbeiten des Projekts eingegangen werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

Am 10.09.2008 erreichte der grüne Planet seine ersten 1.000.000 Credits, 22 Active members waren gemeldet.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der PS3GRID-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''PS3GRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Zeit pro Schritt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1458Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 25150s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1484Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 29576s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 31734s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_host_detail.php?hostid=7652 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Colorful GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1.450Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1.215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 32705s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5877 HGW]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 796Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 19672hz
! class="dcw_normalTableCell" | 1137Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 34300s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5402 woever]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte 9800GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 740Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit HomePre.
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36550s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=6077 JagDoc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 725 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36700s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36761s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 650 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 43400s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 729MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 44800s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/results.php?hostid=8437 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 730MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 53,181ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 49000s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.44
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | 69,402 ms
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | inno3D Geforce 9600 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP3 32-Bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.84
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 86191s
! class="dcw_normalTableCell" |
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5858 Nero24]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-12T11:37:22Z

Woever: /* Rechenzeiten */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
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|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
| {{Steckbrief Status|?}}
|-
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}
|-
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.ps3grid.net|Name=www.ps3grid.net}}
|-
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|-
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|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3GRID/GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

TODO: Hier sollte auf bisher erzielte Erfolge und veröffentlichte Arbeiten des Projekts eingegangen werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

Am 10.09.2008 erreichte der grüne Planet seine ersten 1.000.000 Credits, 22 Active members waren gemeldet.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der PS3GRID-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''PS3GRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1458Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
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! class="dcw_normalTableCell" | 25150s
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! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
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! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
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! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
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! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
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! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 31734s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_host_detail.php?hostid=7652 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Colorful GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1.450Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1.215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 32705s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5877 HGW]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 796Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1965Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1137Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 34500s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5402 woever]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 725 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36700s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36761s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 650 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 43400s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512 OC
! class="dcw_normalTableCell" | 729MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 44800s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/results.php?hostid=8437 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512 OC
! class="dcw_normalTableCell" | 675MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1728MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 47500s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 49000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 58500s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-09T10:08:05Z

Woever: /* Rechenzeiten */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
| {{Steckbrief Status|?}}
|-
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}
|-
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.ps3grid.net|Name=www.ps3grid.net}}
|-
| {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://www.ps3grid.net/}}
|-
| {{Steckbrief Clients Systeme}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|GPU ([[CUDA]])|Alpha|Beta|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|[[Cell]] (PS3)|-|x|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=PS3GRID}}
|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3GRID/GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

TODO: Hier sollte auf bisher erzielte Erfolge und veröffentlichte Arbeiten des Projekts eingegangen werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der PS3GRID-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''OS'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''PS3GRID App'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce GTX 280
! class="dcw_normalTableCell" | 684Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1404Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1296Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 25833s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1484Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 29576s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 31734s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_host_detail.php?hostid=7652 FeuerKater]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+
! class="dcw_normalTableCell" | 740Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36300s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5402 woever]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 725 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36700s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512
! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.35
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 36761s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB
! class="dcw_normalTableCell" | 650 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1800 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 850 Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92
! class="dcw_normalTableCell" | 6.43
! class="dcw_normalTableCell" | 43400s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512 OC
! class="dcw_normalTableCell" | 675MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1728MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS
! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 972Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 46000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 1600Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 49000s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc]
|-
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT
! class="dcw_normalTableCell" | 600MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 1512MHz
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70
! class="dcw_normalTableCell" | 6.42
! class="dcw_normalTableCell" | 58600s
! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.ps3grid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-09T10:03:31Z

Woever: /* Rechenzeiten */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
|-
| {{Steckbrief Nationalität|Spanien|es}}
|-
| {{Steckbrief Start|Februar 2007}}
|-
| {{Steckbrief Status|?}}
|-
| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}}
|-
| {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.ps3grid.net|Name=www.ps3grid.net}}
|-
| {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://www.ps3grid.net/}}
|-
| {{Steckbrief Clients Systeme}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|GPU ([[CUDA]])|Alpha|Beta|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief Clients Architektur|[[Cell]] (PS3)|-|x|-|-|-}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598}}
|-
| {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=PS3GRID}}
|}

'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3GRID/GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

TODO: Hier sollte auf bisher erzielte Erfolge und veröffentlichte Arbeiten des Projekts eingegangen werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der PS3GRID-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

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|}

== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
}}

[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-09T10:00:53Z

Woever: /* Rechenzeiten */

{| {{Steckbrief}}
|-
| {{Steckbrief Kategorie|Chemie}}
|-
| {{Steckbrief Betreiber|Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park}}
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'''PS3GRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt PS3GRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

== Projektbeschreibung ==

PS3GRID/GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atome zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.ps3grid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

== Erfolge des Projekts ==

TODO: Hier sollte auf bisher erzielte Erfolge und veröffentlichte Arbeiten des Projekts eingegangen werden.

== Planet 3DNow! ==

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an PS3GRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008.

== Teilnahme ==

PS3GRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen verleiht.

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).

Derzeit (September 2008) wären das demnach:

'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:'''
96 Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB

'''NVIDIA-Geforce-9-Serie:'''
64 Shader: Geforce 9600 GT
96 Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2

'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''':
192 Shader: Geforce GTX 260
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10.] Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellsten Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]]

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.ps3grid.net/ http://www.ps3grid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro und GPU-Kern jeweils eine [[Work-Unit]]. Aktuell wird jeweils 1 CPU-Kern zusätzlich zum GPU-Kern belegt. Laut Betreiberauskunft wird das in zukünftigen Programmversion nicht mehr der Fall sein. Der zusätzlich von der PS3GRID-Applikation belegte CPU-Kern arbeitet dann wieder unabhängig vom GPU-Kern und kann somit für weitere BOINC-Projekte rechnen.

== Rechenzeiten ==

{| class="dcw_fullWidthTable"
! class="dcw_normalTableCell" | '''Kartenbezeichnung'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Chiptakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Shadertakt'''
! class="dcw_normalTableCell" | '''Speichertakt'''
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! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer'''
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== Banner ==

[[Bild:Banner PS3GRID.jpg]]

== Weblinks ==

* [http://www.ps3grid.net www.ps3grid.net] - Internetpräsenz des Projekts
* [http://www.ps3grid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik]

{{NaviBlock
|Vorlage:Navigationsleiste BOINC
|Navigationsleiste Nicht-BOINC
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[[Kategorie:Chemie]]
[[Kategorie:BOINC-Projekt]]
[[Kategorie:Planet 3DNow! Team]]

GPUGRID

2008-09-05T16:15:56Z

Woever: /* Rechenzeiten */

GPUGRID

2008-09-05T15:56:45Z

Woever: /* Teilnahme */

GPUGRID

2008-09-05T15:55:23Z

Woever: /* Teilnahme */

GPUGRID

2008-09-05T15:54:28Z

Woever: /* Teilnahme */

GPUGRID

2008-09-05T15:53:20Z

Woever: /* Teilnahme */

GPUGRID

2008-09-05T15:50:04Z

Woever: /* Teilnahme */

GPUGRID

2008-09-05T15:44:49Z

Woever: /* Rechenzeiten */

GPUGRID

2008-09-05T15:42:37Z

Woever: /* Rechenzeiten */