GPUGRID - Versionsgeschichte

HeavyIonsboinc-47381: /* Projektbeschreibung */

2009-05-06T16:27:37Z

Projektbeschreibung

← Nächstältere Version		Version vom 6. Mai 2009, 16:27 Uhr
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	== Projektbeschreibung ==		== Projektbeschreibung ==

	GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von ~~Atomem~~ zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird ~~dabei sie~~ sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei ~~diesen Berechnungen~~ werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).		GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atomen zu visualisieren und diese Prozesse somit besser zu verstehen. Verwendet wird die sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesem Vorgang werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein und/oder Protein-Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
	Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch ~~einen~~ entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.gpugrid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.		Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch seinen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.gpugrid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

	== Erfolge des Projekts ==		== Erfolge des Projekts ==

HeavyIonsboinc-47381: /* Projektbeschreibung */

2009-05-06T16:25:11Z

Projektbeschreibung

← Nächstältere Version		Version vom 6. Mai 2009, 16:25 Uhr
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	== Projektbeschreibung ==		== Projektbeschreibung ==

	GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von ~~Atome~~ zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).		GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atomem zu visualisieren und diese somit besser zu verstehen. Verwendet wird dabei sie sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesen Berechnungen werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein/Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden).
	Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.gpugrid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.		Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch einen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.gpugrid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

TiKu: /* Erfolge des Projekts */ Mitarbeitsaufforderung

2009-04-29T13:15:24Z

Erfolge des Projekts: Mitarbeitsaufforderung

← Nächstältere Version		Version vom 29. April 2009, 13:15 Uhr
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	== Erfolge des Projekts ==		== Erfolge des Projekts ==

	~~Am 6. September 2008 hat das Projekt GPUGRID die Marke von 1.000.000 [[Credits]] pro Tag erreicht.~~		{{Stub Erfolge}}

	== Planet 3DNow! ==		== Planet 3DNow! ==

MagicEye04: /* Rechenzeiten */

2009-04-07T21:34:52Z

Rechenzeiten

← Nächstältere Version		Version vom 7. April 2009, 21:34 Uhr
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	! class="dcw_normalTableCell" \| 6.4.5		! class="dcw_normalTableCell" \| 6.4.5
	! class="dcw_normalTableCell" \| ~~74.163~~ s		! class="dcw_normalTableCell" \| 74163 s
	! class="dcw_normalTableCell" \|		! class="dcw_normalTableCell" \|
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	! class="dcw_normalTableCell" \| [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=20062 MagicEye04]		! class="dcw_normalTableCell" \| [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=20062 MagicEye04]
	\|}		\|}

MagicEye04: /* Rechenzeiten */

2009-04-07T21:32:20Z

Rechenzeiten

@@ Zeile 300: / Zeile 300: @@
   ! class="dcw_normalTableCell" |
   ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5858 Nero24]
    |}

Pr1nCeFiFi-29479: /* Teilnahme */

2008-12-05T10:05:46Z

Teilnahme

← Nächstältere Version		Version vom 5. Dezember 2008, 10:05 Uhr
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	== Teilnahme ==		== Teilnahme ==

	GPUGRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den Namen ~~verleiht~~.		GPUGRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den früheren Namen "PS3Grid verlieh."

	Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.		Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0.
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	Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.		Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

	Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10]. Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die ~~aktuellsten~~ Versionen.		Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10]. Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellen Versionen.

	Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.		Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren.

Koschi: /* Rechenzeiten */

2008-11-18T16:06:18Z

Rechenzeiten

← Nächstältere Version		Version vom 18. November 2008, 16:06 Uhr
Zeile 211:		Zeile 211:
	! class="dcw_normalTableCell" \| Linux 64bit		! class="dcw_normalTableCell" \| Linux 64bit
	! class="dcw_normalTableCell" \| 177.80		! class="dcw_normalTableCell" \| 177.80
	! class="dcw_normalTableCell" \| 6.47		! class="dcw_normalTableCell" \| 6.51
	! class="dcw_normalTableCell" \| ~~44221s~~		! class="dcw_normalTableCell" \| 44300s
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	! class="dcw_normalTableCell" \| 52ms		! class="dcw_normalTableCell" \| 52ms
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Zeile 271:		Zeile 271:
	! class="dcw_normalTableCell" \| Linux 64bit		! class="dcw_normalTableCell" \| Linux 64bit
	! class="dcw_normalTableCell" \| 177.80		! class="dcw_normalTableCell" \| 177.80
	! class="dcw_normalTableCell" \| 6.44		! class="dcw_normalTableCell" \| 6.51
	! class="dcw_normalTableCell" \|		! class="dcw_normalTableCell" \| 58800 s
	! class="dcw_normalTableCell" \|		! class="dcw_normalTableCell" \| 4580
	! class="dcw_normalTableCell" \| 71.~~107~~ ms		! class="dcw_normalTableCell" \| 69.2 ms
	! class="dcw_normalTableCell" \| [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]		! class="dcw_normalTableCell" \| [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5044 koschi]
	\|-		\|-

TiKu: /* Das Projekt in den Planet 3DNow! News */ Abstand zur Navi-Box

2008-11-01T21:26:00Z

Das Projekt in den Planet 3DNow! News: Abstand zur Navi-Box

← Nächstältere Version		Version vom 1. November 2008, 21:26 Uhr
Zeile 315:		Zeile 315:
	* [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1220518421 BOINC-Projekt PS3Grid nun auch mit CUDA-Support (04.09.2008)]		* [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1220518421 BOINC-Projekt PS3Grid nun auch mit CUDA-Support (04.09.2008)]
	* [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1223972863 Rasante Aufholjagd des Distributed Computing Teams bei PS3Grid (14.10.2008)]		* [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1223972863 Rasante Aufholjagd des Distributed Computing Teams bei PS3Grid (14.10.2008)]


	{{NaviBlock		{{NaviBlock

TiKu: PS3GRID -> GPUGRID

2008-11-01T21:25:11Z

PS3GRID -> GPUGRID

Änderungen zeigen

TiKu: hat PS3GRID nach GPUGRID verschoben: Projekt wurde umbenannt

2008-11-01T21:22:57Z

hat PS3GRID nach GPUGRID verschoben: Projekt wurde umbenannt

← Nächstältere Version	Version vom 1. November 2008, 21:22 Uhr
(kein Unterschied)

← Nächstältere Version		Version vom 7. April 2009, 21:34 Uhr
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	! class="dcw_normalTableCell" \| 182.06		! class="dcw_normalTableCell" \| 182.06
	! class="dcw_normalTableCell" \| 6.4.5		! class="dcw_normalTableCell" \| 6.4.5
	! class="dcw_normalTableCell" \| ~~74.163~~ s		! class="dcw_normalTableCell" \| 74163 s
	! class="dcw_normalTableCell" \|		! class="dcw_normalTableCell" \|
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	! class="dcw_normalTableCell" \| [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=20062 MagicEye04]		! class="dcw_normalTableCell" \| [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=20062 MagicEye04]
	\|}		\|}

← Nächstältere Version		Version vom 18. November 2008, 16:06 Uhr
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	! class="dcw_normalTableCell" \| 6.44		! class="dcw_normalTableCell" \| 6.51
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	! class="dcw_normalTableCell" \|		! class="dcw_normalTableCell" \| 4580
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