GPUGRID

Aus Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki
Steckbrief
Kategorie: Chemie
Betreiber: Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park
Nationalität: Spanien Flag es.png
Start: Februar 2007
Status: Stabil
Checkpoints: Ja
Webseite: www.gpugrid.net
Anmelde-URL: http://www.gpugrid.net/
Clients Logo Windows.gif Logo Linux.gif Logo MacOSX.gif Logo BSD.gif Logo Solaris.gif
GPU (CUDA) Alpha Beta - - -
Cell (PS3) - x - - -
Planet 3DNow! Teamstatistik
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(powered by BOINCstats)

GPUGRID simuliert den Ionen-Transport von Gramicidin-A-Atomen. Unter den BOINC-Projekten nimmt GPUGRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.

Projektbeschreibung

GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atomen zu visualisieren und diese Prozesse somit besser zu verstehen. Verwendet wird die sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesem Vorgang werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein und/oder Protein-Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden). Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch seinen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [1] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.

Erfolge des Projekts

Dieser Abschnitt ist ausbaufähig. Falls dir weitere nennenswerte Erfolge des Projekts bekannt sind, kannst du sie hier eintragen.

Planet 3DNow!

Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an GPUGRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008. Am 10.09.2008 wurde schließlich der erste Meilenstein von 1.000.000 Credits erreicht. Zu diesem Zeitpunkt waren 22 Teilnehmer im Team aktiv.

Teilnahme

GPUGRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den früheren Namen "PS3Grid verlieh."

Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0. Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).


Derzeit (Oktober 2008) wären das demnach:

NVIDIA-Geforce-8-Serie:
96  Shader: Geforce 8800 GS
112 Shader: Geforce 8800 GT
128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB
NVIDIA-Geforce-9-Serie:
64  Shader: Geforce 9600 GT
96  Shader: Geforce 9600 GSO
112 Shader: Geforce 9800 GT
128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+ 
2x128 Shader: Geforce 9800 GX2 
NVIDIA-Geforce-200-Serie:
192 Shader: Geforce GTX 260
216 Shader: Geforce GTX 260 Core 216
240 Shader: Geforce GTX 280

Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.

Weiterhin notwendig ist ein CUDA-fähiger Treiber von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab 6.3.10. Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellen Versionen.

Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren. Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe video sein muss. Heißt der Benutzer etwa boinc, ist dieses mit dem Befehl usermod -G video boinc umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.

Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt, und somit die WUs mit einem Berechnungsfehler abbrechen:

26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found
26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)

Achtung: Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch Installation des BOINC-Clients 6.x.x

Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:

14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found
14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)

Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse http://www.gpugrid.net/ dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro CPU-Kern jeweils eine Work-Unit.

Rechenzeiten

Die Rechenzeiten mit dem neuen Windows-Client 6.45 scheinen zur Version 6.43 minimal erhöht zu sein. Dafür strebt die CPU-Last eines Kerns gegen 0. Die CPU-Zeit variert stark je nach WU und CPU von wenigen Sekunden bis zu knapp einer Stunde pro WU.

Kartenbezeichnung Chiptakt Shadertakt Speichertakt OS Treiber GPUGRID App Rechenzeit approx. credits/day Zeit pro Schritt Benutzer
Zotac Geforce GTX 280 684Mhz 1458Mhz 1296Mhz Vista 64bit Ultimate 177.92 6.45 27700 s 10081 32.655 ms indiana@seti
Gainward Geforce GTX 260 675Mhz 1484Mhz 1215Mhz Vista 64bit Ultimate 177.92 6.45 31566 s 8846 37.137 ms JKuehl
Gainward Geforce 8800 GTS 512 750MHz 1806MHz 1000MHz Vista 64bit 177.35 6.45 37705 7406 44.360 ms Pjack
Leadtek Geforce 8800 GTS 512 760Mhz 1900Mhz 1000Mhz Vista 32bit 178.13 6.45 37800s 7387 44.513 ms rapt0r
Colorful GTX 260 675Mhz 1450Mhz 1215Mhz XP SP2 32bit 177.92 6.45 38300 s 7290 45.112 ms HGW
Gainward Geforce 9800 GTX+ 738Mhz 1836Mhz 1100Mhz Vista 64bit Ultimate 177.89 6.45 39230s 7118 46.154 ms woever
Gigabyte 9800GTX+ 740Mhz 1836Mhz 1100Mhz Vista 64bit HomePre. 177.98 6.45 39800 s 7016 46.849 ms JagDoc
PNY Geforce 8800 GT 256 MB 720Mhz 1800Mhz 900Mhz Vista 32 bit 178.24 6.45 43940s 6355 51.694 ms rapt0r
MSI Geforce 8800GTS 512 730MHz 1838MHz 972MHz Linux 64bit 177.80 6.51 44300s 5680 52ms koschi
Sparkle Geforce 8800GT 650Mhz 1750Mhz 900Mhz Vista 32bit 177.92 6.45 50865 s 59.842 ms FeuerKater
Zotac Geforce 8800GTS 650Mhz 1650Mhz 972Mhz Linux 64bit 177.70 6.44 61.460 ms Heavy-ions@boinc
Gigabyte Geforce 8800GT 600Mhz 1675Mhz 900Mhz Linux 64bit 177.70 6.44 62.537 ms Heavy-ions@boinc
Elitegroup Geforce 8800GT 600Mhz 1650Mhz 700Mhz Vista 32Bit Home Basic 177.92 6.45 54981 s 64.684 ms FeuerKater
Gainward Geforce 9800 GT 600MHz 1512MHz 900MHz Linux 64bit 177.80 6.51 58800 s 4580 69.2 ms koschi
Elitegroup Geforce 8800GT 600Mhz 1700Mhz 700Mhz Vista 64Bit Ultimate 177.92 6.45 65231 s 76.74 ms FeuerKater
inno3D Geforce 9600 GT 650MHz 1600MHz 900MHz XP SP3 32-Bit 177.84 6.43 86.191 s Nero24
Sparkle Geforce 9600 GT 650MHz 1625MHz 900MHz 2K SP4 32-Bit 182.06 6.4.5 74163 s 118.6 ms MagicEye04

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Weblinks

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