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Malariacontrol.net: Unterschied zwischen den Versionen

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Aktuelle Version vom 30. Oktober 2014, 09:26 Uhr

Steckbrief
Kategorie:	Biologie & Medizin
Betreiber:	Africa@Home
Nationalität:	Schweiz
Start:	November 2005
Status:	Stabil
Checkpoints:	Abhängig vom WU-Typ
Webseite:	www.malariacontrol.net
Anmelde-URL:	http://www.malariacontrol.net
Clients
x86	x	x	-	-	-
x86-64	-	x	x	-	-
Planet 3DNow! Teamstatistik
Platzierung Planet 3DNow!: (powered by BOINCstats)

Malariacontrol.net ist ein Projekt einer Kooperation der Universität Genf, des Schweizer Tropeninstituts, des CERN, der Universität Cheikh Anta Diop aus dem Senegal und einiger anderer Organisationen, das sich mit der Ausbreitung und den Auswirkungen von Malaria befasst.

Projektbeschreibung

Malariacontrol berechnet Modelle zur Ausbreitung von Malaria und ihrer gesundheitlicher Auswirkungen. Die Ergebnisse sollen verwendet werden, um die Verteilung von Moskitonetzen, Chemotherapie und neuen Medikamenten effektiver zu koordinieren. Dieses Projekt erforscht selbst keine Medikamente gegen Malaria.

Das Schweizer Tropeninstitut hat ein Modell der Malariaepidemiologie entwickelt und nutzt die hauseigenen Kapazitäten um grundlegende Studien durchzuführen. Da die Simulationen aber sehr rechenintensiv sind - große Bevölkerungsgruppen und eine Vielzahl von biologischen und sozialen Faktoren müssen berücksichtigt werden - wird eine viel höhere Rechenleistung benötigt. An dieser Stelle kommt Malaricontrol.net ins Spiel, das die Rechenleistung möglichst vieler freiwilliger Helfer bündeln soll um die Vorhersagen der Forscher bezüglich der Ausbreitung von Malaria in Afrika zu verbessern.

Ein weiteres wesentliches Ziel des Projektes ist es, afrikanische Universitäten und Institutionen bei der Entwicklung und Nutzung der Anwendungen miteinzubinden. Der Grund dafür dürfte sein, dass ein Großteil der Rechenleistung von Anwendern in den entwickelten Ländern, vor allem aus Nordamerika und Europa stammt.

Derzeit arbeitet des Projekt mit vier verschiedenen Anwendungen.

Malariacontrol.net hat auch den Quellcode der neuen wissenschaftlichen Anwendung auf Google Code veröffentlicht, siehe Weblinks.

Erfolge des Projekts

Unter dem Titel "Modelling the Epidemiological Impact of Intermittent Preventive Treatment against Malaria in Infants" wurde mittlerweile der erste wissenschaftliche Artikel veröffentlicht, der auf den Berechnungen von Malariacotrol.net basiert. Der Artikel handelt von der Wirksamkeit der vorbeugenden Behandlung von Malaria bei Kindern. Siehe auch: http://www.plosone.org/journals/plosone/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0002661. Im zweiten Quartal 2009 wurde ein Artikel auf www.malariajournal.com veröffentlicht, der auf den durchgeführten Berechnungen des Sommers 2008 basiert. In diesem Artikel geht es um die Kostengünstigkeit verschiedener Malariaimpfstoffe. Die Ergebnisse der Anwendung "Prediction of Malaria Prevalence" wurden 2009 unter dem Titel "Mapping malaria risk in West Africa using a Bayesian nonparametric non-stationary model" in "Computational Statistics and Data Analysis 53: 3358-3371" veröffentlicht.

Planet 3DNow!

Planet 3DNow! nimmt seit dem 11.01.2007 mit einem eigenen Team an Malariacontrol.net teil. Die ersten 100.000 Credits wurden am 27.04.2007, die erste Million am 08.07.2008 erreicht. Am 14.02.2010 wurde die Marke von fünf Millionen Credits erreicht.

Malariacontrol.net wurde für den August 2008 zum Projekt des Monats gewählt. In diesem Zeitraum wurden über 736.000 Credits durch das Team errechnet. Planet 3DNow! konnte dadurch von Platz 37 auf Platz 29 klettern.

Seit Juli 2014 ist unser Team unter den Top10 bei dem Projekt

Teilnahme

Das Projekt wird über die BOINC-Plattform betrieben, die URL zur Anmeldung lautet http://www.malariacontrol.net/.

Bei der ersten Anmeldung werden ca. 8 MByte Daten übertragen. Die Größe der Work-Units beträgt im Download 20 bis 64 KByte, im Upload bis zu 100 KByte.

Besonderheiten

Nach einer größeren Überarbeitung im Jahr 2010 verfügt das Projekt nun über sechs Anwendungen, deren Quellcode z.T offen zugänglich ist. In den Projekteinstellungen kann man wählen, welche Anwendungen berechnet werden soll. Ein Q8200 ist mit Linux 64-Bit ca. 10% schneller als ein Q8200 mit XP 64-Bit.

openMalaria test version: Hiermit werden neue Versionen getestet. Work Units sind nur selten verfügbar. Diese Anwendung muss in den Einstellungen explizit ausgewählt werden (opt in).
openMalaria: A simulator of malaria epidemology and control, "Branch A" and "Branch B": Dies sind die neuen Hauptanwendungen des Projekts. WUs sind für Windows (32-Bit), Linux (32- und 64-Bit) sowie für Mac OS X (Intel) verfügbar. Die Größe der App im Download beträgt 6,6 MByte für Linux, bzw. 3 MByte für Windows.
Die ehemalige Hauptanwendung ist "malariacontrol.net". Die Projektbetreiber gehen davon aus, dass diese Anwendung zukünftig nicht mehr benötigt wird.
"Prediction of Malaria Prevalence": Ziel ist es, die Ausbreitung von Malaria vorherzusagen. Die Betreiber gehen davon aus, dass diese Anwendung nicht mehr verwendet wird.
"Estimation of parameters of infection dynamics": Auch diese Anwendung ist derzeit inaktiv.
Das Projekt unterstützt Checkpoints.
Pro Work-Unit wird der Arbeitsspeicher mit bis zu 100 MByte belastet.
Das Quorum beträgt 2, d. h. eine Work-Unit muss von zwei Rechnern bearbeitet werden, bevor die Credits vergeben werden.
Die Deadline, innerhalb der die Berechnung abgeschlossen und vollständig zurückgemeldet werden muss, beträgt bei der Standard-Anwendung 3 Tage, 11 Stunden und 20 Minuten.
Creditvergabe: Bei Malariacontrol.net wird die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall, wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt.

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Weblinks

africa-at-home.web.cern.ch - Africa@Home
www.malariacontrol.net - Internetpräsenz des Projekts
code.google.com/p/openmalaria/ - Quellcode der wissenschaftlichen Anwendung
Planet 3DNow! Teamstatistik

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 Der Artikel handelt von der Wirksamkeit der vorbeugenden Behandlung von Malaria bei Kindern.
 Siehe auch: http://www.plosone.org/journals/plosone/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0002661.
+Im zweiten Quartal 2009 wurde ein Artikel auf [http://www.malariajournal.com/content/8/1/127 www.malariajournal.com] veröffentlicht, der auf den durchgeführten Berechnungen des Sommers 2008 basiert. In diesem Artikel geht es um die Kostengünstigkeit verschiedener Malariaimpfstoffe.
+Die Ergebnisse der Anwendung "Prediction of Malaria Prevalence" wurden 2009 unter dem Titel "Mapping malaria risk in West Africa using a Bayesian nonparametric non-stationary model" in "Computational Statistics and Data Analysis 53: 3358-3371" veröffentlicht.
 == Planet 3DNow! ==
-Planet 3DNow! nimmt seit dem 11.01.2007 mit einem eigenen Team an Malariacontrol.net teil. Die ersten 100.000 [[Credits]] wurden am 27.04.2007, die erste Million am 08.07.2008 erreicht.
+Planet 3DNow! nimmt seit dem 11.01.2007 mit einem eigenen Team an Malariacontrol.net teil. Die ersten 100.000 [[Credits]] wurden am 27.04.2007, die erste Million am 08.07.2008 erreicht. Am 14.02.2010 wurde die Marke von fünf Millionen Credits erreicht.
 Malariacontrol.net wurde für den August 2008 zum [[Projekt des Monats]] gewählt. In diesem Zeitraum wurden über 736.000 Credits durch das Team errechnet. Planet 3DNow! konnte dadurch von Platz 37 auf Platz 29 klettern.
+Seit Juli 2014 ist unser Team unter den Top10 bei dem Projekt
 == Teilnahme ==
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 == Besonderheiten ==
-Das Projekt bietet mehrere Anwendungen an. In den Einstellungen des Projekts kann man wählen welche Typen man bearbeiten möchte.
+Nach einer größeren Überarbeitung im Jahr 2010 verfügt das Projekt nun über sechs Anwendungen, deren Quellcode z.T offen zugänglich ist. In den Projekteinstellungen kann man wählen, welche Anwendungen berechnet werden soll. Ein Q8200 ist mit Linux 64-Bit ca. 10% schneller als ein Q8200 mit XP 64-Bit.
-* Die Hauptanwendung ist "malariacotrol.net", für die es immer Arbeit gibt. Die Work-Units können unter Windows x86, Linux x86 und x86-64 sowie unter Mac OS X (Intel) bearbeitet werden. Die Laufzeit beträgt wenige Minuten bis ca. 2:30 Stunden.
+* openMalaria test version: Hiermit werden neue Versionen getestet. Work Units sind nur selten verfügbar. Diese Anwendung muss in den Einstellungen explizit ausgewählt werden (opt in).
-* Ab und an gibt es Anwendungen namens "malariacontrol.net test", immer wenn es neue Parameter zu erproben gilt.
+* openMalaria: A simulator of malaria epidemology and control, "Branch A" and "Branch B": Dies sind die neuen Hauptanwendungen des Projekts. WUs sind für Windows (32-Bit), Linux (32- und 64-Bit) sowie für Mac OS X (Intel) verfügbar. Die Größe der App im Download beträgt 6,6 MByte für Linux, bzw. 3 MByte  für Windows.
-* Der dritte Typ wird "Prediction of Malaria Prevalence" oder "map", bzw. "map predictor" genannt. Diese Work-Units sind nur selten verfügbar.
+* Die ehemalige Hauptanwendung ist "malariacontrol.net". Die Projektbetreiber gehen davon aus, dass diese Anwendung zukünftig nicht mehr benötigt wird.
-* Der letzte Typ wird als "Estimation of parameters of infection dynamics" oder "Optimizer" bezeichet. Diese WUs haben sehr unterschiedliche Laufzeiten von ca. 20 Minuten bis 2 Stunden. Erkennbar sind diese Einheiten an der Bezeichnung der WUs, die immer mit opt_ beginnen. Im Unterschied zu den anderen Einheiten haben die Optimizer keinen Fortschrittsbalken, die Anzeige steht immer auf 0%.
+* "Prediction of Malaria Prevalence": Ziel ist es, die Ausbreitung von Malaria vorherzusagen. Die Betreiber gehen davon aus, dass diese Anwendung nicht mehr verwendet wird.
-* Nur PCs mit Windows XP (x86) oder neuer können "map predictor" und "Optimizer" berechnen.
+* "Estimation of parameters of infection dynamics": Auch diese Anwendung ist derzeit inaktiv.
-* Das Projekt unterstützt [[Checkpoints]], allerdings gilt dies nicht für die "Optimizer".
+* Das Projekt unterstützt [[Checkpoints]].
-* Pro Work-Unit (der Hauptanwendung) werden ca. 10 MByte auf der Festplatte belegt, der Arbeitsspeicher wird mit bis zu 60 MByte belastet.
+* Pro Work-Unit wird der Arbeitsspeicher mit bis zu 100 MByte belastet.
-* Angaben für "Optimizer" TODO
-* Beim Prozessorvergleich zeigt sich, dass ein Core 2 Duo (Conroe-L) mit 1.800 MHz einen K8 mit 2.100 MHz knapp schlägt.
-* Die maximale Anzahl an Work-Units liegt bei 1.500 pro Tag und Rechner.
 * Das [[Quorum]] beträgt 2, d. h. eine Work-Unit muss von zwei Rechnern bearbeitet werden, bevor die Credits vergeben werden.
-* Die [[Deadline]], innerhalb der die Berechnung abgeschlossen und vollständig zurückgemeldet werden muss, beträgt bei der Standard-Anwendung 3 Tage, 7 Stunden und 20 Minuten, die Zeiten der Test-Anwendung und von "map" liegen deutlich darunter.
+* Die [[Deadline]], innerhalb der die Berechnung abgeschlossen und vollständig zurückgemeldet werden muss, beträgt bei der Standard-Anwendung 3 Tage, 11 Stunden und 20 Minuten.
-* Creditvergabe: Bei Malariacontrol.net wird die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt.
+* Creditvergabe: Bei Malariacontrol.net wird die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall, wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt.
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