GPUGRID: Unterschied zwischen den Versionen
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| {{Steckbrief Start|Februar 2007}} | | {{Steckbrief Start|Februar 2007}} | ||
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− | | {{Steckbrief Status| | + | | {{Steckbrief Status|Stabil}} |
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| {{Steckbrief Checkpoints|Ja}} | | {{Steckbrief Checkpoints|Ja}} | ||
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− | | {{Steckbrief Webseite|URL=http://www. | + | | {{Steckbrief Webseite|URL=http://www.gpugrid.net|Name=www.gpugrid.net}} |
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− | | {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://www. | + | | {{Steckbrief Anmeldung|URL=http://www.gpugrid.net/}} |
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| {{Steckbrief Clients Systeme}} | | {{Steckbrief Clients Systeme}} | ||
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| {{Steckbrief Clients Architektur|[[Cell]] (PS3)|-|x|-|-|-}} | | {{Steckbrief Clients Architektur|[[Cell]] (PS3)|-|x|-|-|-}} | ||
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− | | {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://www. | + | | {{Steckbrief P3D-Statistik|URL=http://www.gpugrid.net/team_display.php?teamid=598}} |
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− | | {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name= | + | | {{Steckbrief P3D-Statistik Live|Name=GPUGRID}} |
|} | |} | ||
− | ''' | + | '''GPUGRID''' simuliert den Ionen-Transport von [http://de.wikipedia.org/wiki/Gramicidin Gramicidin]-A-Atomen. Unter den [[BOINC]]-Projekten nimmt GPUGRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden. |
== Projektbeschreibung == | == Projektbeschreibung == | ||
− | + | GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atomen zu visualisieren und diese Prozesse somit besser zu verstehen. Verwendet wird die sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesem Vorgang werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein und/oder Protein-Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden). | |
− | Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch | + | Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch seinen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [http://www.gpugrid.net/img/movie.gif] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind. |
== Erfolge des Projekts == | == Erfolge des Projekts == | ||
− | + | {{Stub Erfolge}} | |
== Planet 3DNow! == | == Planet 3DNow! == | ||
− | Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an | + | Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an GPUGRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008. Am 10.09.2008 wurde schließlich der erste Meilenstein von 1.000.000 Credits erreicht. Zu diesem Zeitpunkt waren 22 Teilnehmer im Team aktiv. |
− | |||
− | Am 10.09.2008 | ||
== Teilnahme == | == Teilnahme == | ||
− | + | GPUGRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den früheren Namen "PS3Grid verlieh." | |
Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0. | Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0. | ||
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− | Derzeit ( | + | Derzeit (Oktober 2008) wären das demnach: |
'''NVIDIA-Geforce-8-Serie:''' | '''NVIDIA-Geforce-8-Serie:''' | ||
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'''NVIDIA-Geforce-200-Serie''': | '''NVIDIA-Geforce-200-Serie''': | ||
192 Shader: Geforce GTX 260 | 192 Shader: Geforce GTX 260 | ||
+ | 216 Shader: Geforce GTX 260 Core 216 | ||
240 Shader: Geforce GTX 280 | 240 Shader: Geforce GTX 280 | ||
Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten. | Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten. | ||
− | Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10. | + | Weiterhin notwendig ist ein [http://www.nvidia.com/object/cuda_get.html CUDA-fähiger Treiber] von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab [http://boinc.berkeley.edu/dl/?C=M;O=D 6.3.10]. Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellen Versionen. |
Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren. | Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren. | ||
Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt. | Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe ''video'' sein muss. Heißt der Benutzer etwa ''boinc'', ist dieses mit dem Befehl ''usermod -G video boinc'' umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt. | ||
− | Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt: | + | Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt, und somit die WUs mit einem Berechnungsfehler abbrechen: |
26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found | 26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found | ||
− | 26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1) | + | 26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor:''' Device Emulation (CPU)''' (1) |
'''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]] | '''''Achtung:''''' Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch [[Portal:BOINC/Installation/Windows#Installation_des_Clients_(ab_Version_6.x.x)|Installation des BOINC-Clients 6.x.x]] | ||
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14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found | 14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found | ||
− | 14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1) | + | 14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: '''GeForce 9800 GT''' (1) |
− | Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www. | + | Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse [http://www.gpugrid.net/ http://www.gpugrid.net/] dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro CPU-Kern jeweils eine Work-Unit. |
== Rechenzeiten == | == Rechenzeiten == | ||
+ | |||
+ | Die Rechenzeiten mit dem neuen Windows-Client 6.45 scheinen zur Version 6.43 minimal erhöht zu sein. Dafür strebt die CPU-Last eines Kerns gegen 0. Die CPU-Zeit variert stark je nach WU und CPU von wenigen Sekunden bis zu knapp einer Stunde pro WU. | ||
{| class="dcw_fullWidthTable" | {| class="dcw_fullWidthTable" | ||
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! class="dcw_normalTableCell" | '''OS''' | ! class="dcw_normalTableCell" | '''OS''' | ||
! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber''' | ! class="dcw_normalTableCell" | '''Treiber''' | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | ''' | + | ! class="dcw_normalTableCell" | '''GPUGRID App''' |
! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit''' | ! class="dcw_normalTableCell" | '''Rechenzeit''' | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | '''approx. credits/day''' | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | '''Zeit pro Schritt''' | ||
! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer''' | ! class="dcw_normalTableCell" | '''Benutzer''' | ||
|- | |- | ||
Zeile 112: | Zeile 115: | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92 | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.92 | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 27700 s |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 10081 |
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 32.655 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5503 indiana@seti] | ||
|- | |- | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260 | ! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce GTX 260 | ||
Zeile 122: | Zeile 127: | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92 | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.92 | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 31566 s |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 8846 |
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 37.137 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=3961 JKuehl] | ||
+ | |- | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 8800 GTS 512 | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 750MHz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 1806MHz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 1000MHz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.35 | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 37705 | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 7406 | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 44.360 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5615 Pjack] | ||
|- | |- | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | Leadtek Geforce 8800 GTS 512 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 760Mhz |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 1900Mhz |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 1000Mhz |
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 178.13 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 37800s |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 7387 |
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 44.513 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r] | ||
|- | |- | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Colorful GTX 260 | ! class="dcw_normalTableCell" | Colorful GTX 260 | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz | ! class="dcw_normalTableCell" | 675Mhz | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 1450Mhz |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 1215Mhz |
! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit | ! class="dcw_normalTableCell" | XP SP2 32bit | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 177.92 | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.92 | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 38300 s |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 7290 |
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 45.112 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5877 HGW] | ||
|- | |- | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GTX+ | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 738Mhz |
! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz | ! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz | ! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit Ultimate | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 177. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.89 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 39230s |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 7118 |
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 46.154 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5402 woever] | ||
|- | |- | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte 9800GTX+ |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 740Mhz |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 1836Mhz |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 1100Mhz |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista | + | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64bit HomePre. |
! class="dcw_normalTableCell" | 177.98 | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.98 | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 39800 s |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 7016 |
− | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 46.849 ms | |
− | + | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=6077 JagDoc] | |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | ||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | ||
|- | |- | ||
! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB | ! class="dcw_normalTableCell" | PNY Geforce 8800 GT 256 MB | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 720Mhz |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 1800Mhz |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz |
! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32 bit | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 178.24 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 43940s |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6355 |
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 51.694 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5895 rapt0r] | ||
|- | |- | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512 | + | ! class="dcw_normalTableCell" | MSI Geforce 8800GTS 512 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 730MHz |
! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz | ! class="dcw_normalTableCell" | 1838MHz | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz | ! class="dcw_normalTableCell" | 972MHz | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 177. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.80 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.51 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 44300s |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 5680 |
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 52ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5044 koschi] | ||
+ | |- | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 8800GT | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 650Mhz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 1750Mhz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32bit | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.92 | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 50865 s | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 59.842 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5561 FeuerKater] | ||
|- | |- | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS | ! class="dcw_normalTableCell" | Zotac Geforce 8800GTS | ||
Zeile 202: | Zeile 235: | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit | ! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70 | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.70 | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.44 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | |
− | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 61.460 ms | |
− | + | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc] | |
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | ||
− | |||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | ||
|- | |- | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT | ! class="dcw_normalTableCell" | Gigabyte Geforce 8800GT | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz | ! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 1675Mhz |
! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz | ! class="dcw_normalTableCell" | 900Mhz | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit | ! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 177.70 | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.70 | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.44 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | |
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 62.537 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5264 Heavy-ions@boinc] | ||
+ | |- | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Elitegroup Geforce 8800GT | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 1650Mhz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 700Mhz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 32Bit Home Basic | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.92 | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.45 | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 54981 s | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 64.684 ms | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5561 FeuerKater] | ||
|- | |- | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT | ! class="dcw_normalTableCell" | Gainward Geforce 9800 GT | ||
Zeile 231: | Zeile 270: | ||
! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz | ! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz | ||
! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit | ! class="dcw_normalTableCell" | Linux 64bit | ||
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 177. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 177.80 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | 6. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.51 |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 58800 s |
− | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www. | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 4580 |
− | |} | + | ! class="dcw_normalTableCell" | 69.2 ms |
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5044 koschi] | ||
+ | |- | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Elitegroup Geforce 8800GT | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 600Mhz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 1700Mhz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 700Mhz | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Vista 64Bit Ultimate | ||
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+ | ! class="dcw_normalTableCell" | | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=5858 Nero24] | ||
+ | |- | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | Sparkle Geforce 9600 GT | ||
+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 650MHz | ||
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+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 900MHz | ||
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+ | ! class="dcw_normalTableCell" | 6.4.5 | ||
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+ | ! class="dcw_normalTableCell" | [http://www.gpugrid.net/show_user.php?userid=20062 MagicEye04] | ||
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== Banner == | == Banner == | ||
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== Weblinks == | == Weblinks == | ||
− | * [http://www. | + | * [http://www.gpugrid.net www.gpugrid.net] - Internetpräsenz des Projekts |
− | * [http://www. | + | * [http://www.gpugrid.net/team_display.php?teamid=598 Planet 3DNow! Teamstatistik] |
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+ | == Das Projekt in den Planet 3DNow! News == | ||
+ | |||
+ | * [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1220518421 BOINC-Projekt PS3Grid nun auch mit CUDA-Support (04.09.2008)] | ||
+ | * [http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1223972863 Rasante Aufholjagd des Distributed Computing Teams bei PS3Grid (14.10.2008)] | ||
Aktuelle Version vom 6. Mai 2009, 17:27 Uhr
Steckbrief | |||||
---|---|---|---|---|---|
Kategorie: | Chemie | ||||
Betreiber: | Research Unit of Biomedical Informatics, Barcelona Biomedical Research Park | ||||
Nationalität: | Spanien | ||||
Start: | Februar 2007 | ||||
Status: | Stabil | ||||
Checkpoints: | Ja | ||||
Webseite: | www.gpugrid.net | ||||
Anmelde-URL: | http://www.gpugrid.net/ | ||||
Clients | |||||
GPU (CUDA) | Alpha | Beta | - | - | - |
Cell (PS3) | - | x | - | - | - |
Planet 3DNow! Teamstatistik | |||||
Platzierung Planet 3DNow!: (powered by BOINCstats) |
GPUGRID simuliert den Ionen-Transport von Gramicidin-A-Atomen. Unter den BOINC-Projekten nimmt GPUGRID eine Sonderstellung ein, da für die Berechnungen vordergründig die Spielekonsole Sony Playstation 3 sowie neuere NVIDIA-Grafikkarten eingesetzt werden.
Projektbeschreibung
GPUGRID stellt eine Supercomputer-Infrastruktur dar, die es Forschern ermöglichst dynamische biomolekulare Prozesse auf der Ebene von Atomen zu visualisieren und diese Prozesse somit besser zu verstehen. Verwendet wird die sogenannte Full-Atom Molecular Dynamics-Methode. Bei diesem Vorgang werden die Abstände von mehreren 10.000 Atomen in einem simulierten Protein und/oder Protein-Membranfragment zueinander innerhalb von sehr kurzen Zeitabständen berechnet. Üblicherweise liegen die Zeitabstände im Femtosekunden-Bereich (10E minus 15 Sekunden). Für die Berechnung/Visualisierung von biologisch relevanten Prozessen, wie beispielsweise der Durchgang eines Ions durch seinen entsprechenden Ionenkanal in der Membran einer Zelle [1] bedarf es einer enormen Rechenleistung. Die zu visualisierenden biologischen Prozesse laufen Üblicherweise im Bereich von hundertstel-Sekunden bis Millisekunden ab (10E minus 2 bis 10E minus 6). Um diesen Vorgang berechnen/visualisieren zu können, müssen die Abstände aller Atome in der zu untersuchenden "Probe" berechnet werden und dies zu jeder Femtosekunde. Um eine Millisekunde eines dynamischen Prozesses zu berechnen, müssen demnach ~150 Millionen mal alle Abstände aller Atome zueinander berechnet werden. Bei 30.000 Atomen, wie in dem aktuell (Stand September 2008) berechneten Kalium-Kanal GramidicinA, wird deutlich wie rechenintensiv diese Art von Berechnungen sind.
Erfolge des Projekts
Planet 3DNow!
Planet 3DNow! nimmt seit dem 18.07.2008 mit einem eigenen Team an GPUGRID teil; die ersten Credits gab es am 15.08.2008. Am 10.09.2008 wurde schließlich der erste Meilenstein von 1.000.000 Credits erreicht. Zu diesem Zeitpunkt waren 22 Teilnehmer im Team aktiv.
Teilnahme
GPUGRID bietet derzeit 2 verschiedene Möglichkeiten der Teilname. Zum Einen natürlich mittels einer Playstation 3, welche dem Projekt auch den früheren Namen "PS3Grid verlieh."
Seit dem 17.07. 2008 ist es ebenfalls möglich, mittels einer CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarte teilzunehmen. Geeignet sind jedoch nur jene mit "compute capabilities" Level 1.1 oder höher. Karten die auf der G80-GPU (Geforce 8800 GTS 320/640, GTX und Ultra) basieren können nicht am Projekt teilnehmen, sie unterstützen nur das "compute capability" Level 1.0. Die Betreiber empfehlen weiterhin Karten mit mindestens 50 Streamprozessoren (Shadern).
Derzeit (Oktober 2008) wären das demnach:
NVIDIA-Geforce-8-Serie: 96 Shader: Geforce 8800 GS 112 Shader: Geforce 8800 GT 128 Shader: Geforce 8800 GTS 512/1024 MiB
NVIDIA-Geforce-9-Serie: 64 Shader: Geforce 9600 GT 96 Shader: Geforce 9600 GSO 112 Shader: Geforce 9800 GT 128 Shader: Geforce 9800 GTX, Geforce 9800 GTX+ 2x128 Shader: Geforce 9800 GX2
NVIDIA-Geforce-200-Serie: 192 Shader: Geforce GTX 260 216 Shader: Geforce GTX 260 Core 216 240 Shader: Geforce GTX 280
Auf Karten mit weniger Streamprozessoren läuft das Projekt ebenfalls, allerdings können die Berechnungszeiten dann die 4 Tage betragende Deadline überschreiten.
Weiterhin notwendig ist ein CUDA-fähiger Treiber von NVIDIA sowie ein BOINC-Client mit einer Versionsnummer ab 6.3.10. Empfohlen werden für Treiber und BOINC-Client jeweils die aktuellen Versionen.
Grafiktreiber und BOINC-Client werden nun installiert, das Vorgehen kann je nach Betriebssystem bzw. Distribution variieren. Unter Linux gilt es zu beachten, dass der Benutzer, der BOINC startet, auch Mitglied der Gruppe video sein muss. Heißt der Benutzer etwa boinc, ist dieses mit dem Befehl usermod -G video boinc umgehend erledigt. Ist der Benutzer nicht Mitglied dieser Gruppe, wird die Grafikkarte nicht als Coprozessor erkannt.
Für Windows ist noch anzumerken, dass bei der Installation von BOINC der getrennte Speicherbereich deaktiviert werden muss, da sonst BOINC beim Start diese Meldung anzeigt, und somit die WUs mit einem Berechnungsfehler abbrechen:
26.08.2008 10:58:57 [---] CUDA devices found 26.08.2008 10:58:57 [---] Coprocessor: Device Emulation (CPU) (1)
Achtung: Da der getrennte Speicherbereich nachträglich nicht deaktiviert werden kann, muss der BOINC-Client neu installiert werden. Siehe dazu auch Installation des BOINC-Clients 6.x.x
Wenn alles richtig eingerichtet ist, zeigt BOINC nun bei jedem Start eine Nachricht wie die folgende an:
14-Aug-2008 19:04:53 [---] CUDA devices found 14-Aug-2008 19:04:53 [---] Coprocessor: GeForce 9800 GT (1)
Nun kann der Computer über die Anmeldeadresse http://www.gpugrid.net/ dem Projekt beitreten. Daraufhin erhält er pro CPU-Kern jeweils eine Work-Unit.
Rechenzeiten
Die Rechenzeiten mit dem neuen Windows-Client 6.45 scheinen zur Version 6.43 minimal erhöht zu sein. Dafür strebt die CPU-Last eines Kerns gegen 0. Die CPU-Zeit variert stark je nach WU und CPU von wenigen Sekunden bis zu knapp einer Stunde pro WU.
Kartenbezeichnung | Chiptakt | Shadertakt | Speichertakt | OS | Treiber | GPUGRID App | Rechenzeit | approx. credits/day | Zeit pro Schritt | Benutzer |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Zotac Geforce GTX 280 | 684Mhz | 1458Mhz | 1296Mhz | Vista 64bit Ultimate | 177.92 | 6.45 | 27700 s | 10081 | 32.655 ms | indiana@seti |
Gainward Geforce GTX 260 | 675Mhz | 1484Mhz | 1215Mhz | Vista 64bit Ultimate | 177.92 | 6.45 | 31566 s | 8846 | 37.137 ms | JKuehl |
Gainward Geforce 8800 GTS 512 | 750MHz | 1806MHz | 1000MHz | Vista 64bit | 177.35 | 6.45 | 37705 | 7406 | 44.360 ms | Pjack |
Leadtek Geforce 8800 GTS 512 | 760Mhz | 1900Mhz | 1000Mhz | Vista 32bit | 178.13 | 6.45 | 37800s | 7387 | 44.513 ms | rapt0r |
Colorful GTX 260 | 675Mhz | 1450Mhz | 1215Mhz | XP SP2 32bit | 177.92 | 6.45 | 38300 s | 7290 | 45.112 ms | HGW |
Gainward Geforce 9800 GTX+ | 738Mhz | 1836Mhz | 1100Mhz | Vista 64bit Ultimate | 177.89 | 6.45 | 39230s | 7118 | 46.154 ms | woever |
Gigabyte 9800GTX+ | 740Mhz | 1836Mhz | 1100Mhz | Vista 64bit HomePre. | 177.98 | 6.45 | 39800 s | 7016 | 46.849 ms | JagDoc |
PNY Geforce 8800 GT 256 MB | 720Mhz | 1800Mhz | 900Mhz | Vista 32 bit | 178.24 | 6.45 | 43940s | 6355 | 51.694 ms | rapt0r |
MSI Geforce 8800GTS 512 | 730MHz | 1838MHz | 972MHz | Linux 64bit | 177.80 | 6.51 | 44300s | 5680 | 52ms | koschi |
Sparkle Geforce 8800GT | 650Mhz | 1750Mhz | 900Mhz | Vista 32bit | 177.92 | 6.45 | 50865 s | 59.842 ms | FeuerKater | |
Zotac Geforce 8800GTS | 650Mhz | 1650Mhz | 972Mhz | Linux 64bit | 177.70 | 6.44 | 61.460 ms | Heavy-ions@boinc | ||
Gigabyte Geforce 8800GT | 600Mhz | 1675Mhz | 900Mhz | Linux 64bit | 177.70 | 6.44 | 62.537 ms | Heavy-ions@boinc | ||
Elitegroup Geforce 8800GT | 600Mhz | 1650Mhz | 700Mhz | Vista 32Bit Home Basic | 177.92 | 6.45 | 54981 s | 64.684 ms | FeuerKater | |
Gainward Geforce 9800 GT | 600MHz | 1512MHz | 900MHz | Linux 64bit | 177.80 | 6.51 | 58800 s | 4580 | 69.2 ms | koschi |
Elitegroup Geforce 8800GT | 600Mhz | 1700Mhz | 700Mhz | Vista 64Bit Ultimate | 177.92 | 6.45 | 65231 s | 76.74 ms | FeuerKater | |
inno3D Geforce 9600 GT | 650MHz | 1600MHz | 900MHz | XP SP3 32-Bit | 177.84 | 6.43 | 86.191 s | Nero24 | ||
Sparkle Geforce 9600 GT | 650MHz | 1625MHz | 900MHz | 2K SP4 32-Bit | 182.06 | 6.4.5 | 74163 s | 118.6 ms | MagicEye04 |
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Weblinks
- www.gpugrid.net - Internetpräsenz des Projekts
- Planet 3DNow! Teamstatistik
Das Projekt in den Planet 3DNow! News
- BOINC-Projekt PS3Grid nun auch mit CUDA-Support (04.09.2008)
- Rasante Aufholjagd des Distributed Computing Teams bei PS3Grid (14.10.2008)
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