The Lattice Project – Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki

Steckbrief
Kategorie:	Metaprojekt
Betreiber:	University of Maryland
Nationalität:	USA
Start:	2004 (Monat?) (BOINC: November 2004?)
Status:	?
Webseite:	boinc.umiacs.umd.edu
Anmelde-URL:	http://boinc.umiacs.umd.edu
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The Lattice Project ist ein Projekt der Universität Maryland. Es ist selbst kein eigenständiges Distributed Computing Projekt, sondern stellt die Infrastruktur für eine Vielzahl von Projekten der Bioinformatik.

Projektbeschreibung

The Lattice Project ist ähnlich wie das World Community Grid kein eigenständiges Distributed Computing Projekt, sondern eine komplexe Grid-Infrastruktur, die von Forschern der Universität von Maryland entwickelt wurde und in der diverse Projekte ablaufen können. Das Interessante an Lattice Project ist die Verschmelzung von GLOBUS mit Condor und BOINC. Seit Entwicklungsbeginn im Jahre 2003 sind insgesamt 21 bereits existierende Bioinformatik-Tools auf das Lattice Project portiert worden. Darunter sind unter anderem Sequenzalignmentprogramme wie BLAST und ClustalW, Programme zur Vorhersage von RNA Strukturen (Pknots), sowie eine ganze Serie von Tools zur phylogenetischen Analyse (PAUP, LAMARC, PHYLM, usw.). Hintergrund dieser Bemühungen ist der immense Rechenbedarf moderner bioinformatischer Analysen.

Hauptziel:

Das Arbeitsumfeld vieler Wissenschaftler ist meist grundsätzlich unzulänglich, was den Fortschritt in einer Vielzahl von Forschungsfeldern materiell behindert. Es ist das Ziel genügend Rechenleistung und Ressourcen für eine aktive Gemeinschaft von wissenschaftlichen Forschern zur Verfügung zu stellen.

Wann wird das Lattice Project beendet?

Als fortwährendes Forschungsprojekt, das Lattice Project wird in vielerlei Hinsicht nie beendet werden. Dennoch kann die gegenwärtige Lage ständig als Kreuz zwischen Prüfung und Fertigung beschrieben werden. Sie können den Fortschritt der Services, welche dem Berechnungsrasterfeld hinzugefügt worden sind, auf der Rasterfeld Serviceseite verfolgen. Zusätzlich werden alle Neuigkeiten auf der Newsseite bekanntgegeben, sobald es welche gibt.

Welche Projekt - WU (Name) tut was? (Aktuell)

GARLI (Genetic Algorithm for Rapid Likelihood Inference - Genetischer Algorithmus der Rückschlüsse aufgrund von Wahrscheinlichkeiten trifft)

Beschreibung:

Führt eine heuristische phylogenetische Suche der Nukleotidsubstitution durch. Dabei wird das GTR-Modell verwendet - Vergleiche mit dem bekannten PAUP sind möglich. Laut Website erfolgt die Analyse mit Maximum Likelihood. Screenshots und mehr Erklärungen finden sich auf der dortigen Website.

Für Laien:

erstellt Stammbäume von verwandten Organismen aufgrund von Gensequenzen.

Stichworte:

Maximum Likelihood, Parsimony und Distanzmethoden.