Malariacontrol.net – Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki

Steckbrief
Kategorie:	Biologie & Medizin
Betreiber:	Africa@Home
Nationalität:	Schweiz
Start:	November 2005
Status:	Stabil
Checkpoints:	Abhängig vom WU-Typ
Webseite:	www.malariacontrol.net
Anmelde-URL:	http://www.malariacontrol.net
Clients
x86	x	x	-	-	-
x86-64	-	x	x	-	-
Planet 3DNow! Teamstatistik
Platzierung Planet 3DNow!: (powered by BOINCstats)

Malariacontrol.net ist ein Projekt einer Kooperation der Universität Genf, des Schweizer Tropeninstituts, des CERN, der Universität Cheikh Anta Diop aus dem Senegal und einiger anderer Organisationen, das sich mit der Ausbreitung und den Auswirkungen von Malaria befasst.

Projektbeschreibung

Malariacontrol berechnet Modelle zur Ausbreitung von Malaria und ihrer gesundheitlicher Auswirkungen. Die Ergebnisse sollen verwendet werden, um die Verteilung von Moskitonetzen, Chemotherapie und neuen Medikamenten effektiver zu koordinieren. Dieses Projekt erforscht selbst keine Medikamente gegen Malaria.

Das Schweizer Tropeninstitut hat ein Modell der Malariaepidemiologie entwickelt und nutzt die hauseigenen Kapazitäten um grundlegende Studien durchzuführen. Da die Simulationen aber sehr rechenintensiv sind - große Bevölkerungsgruppen und eine Vielzahl von biologischen und sozialen Faktoren müssen berücksichtigt werden - wird eine viel höhere Rechenleistung benötigt. An dieser Stelle kommt Malaricontrol.net ins Spiel, das die Rechenleistung möglichst vieler freiwilliger Helfer bündeln soll um die Vorhersagen der Forscher bezüglich der Ausbreitung von Malaria in Afrika zu verbessern.

Ein weiteres wesentliches Ziel des Projektes ist es, afrikanische Universitäten und Institutionen bei der Entwicklung und Nutzung der Anwendungen miteinzubinden. Der Grund dafür dürfte sein, dass ein Großteil der Rechenleistung von Anwendern in den entwickelten Ländern, vor allem aus Nordamerika und Europa stammt.

Derzeit arbeitet des Projekt mit vier verschiedenen Anwendungen.

Malariacontrol.net hat auch den Quellcode der neuen wissenschaftlichen Anwendung auf Google Code veröffentlicht, siehe Weblinks.

Erfolge des Projekts

Unter dem Titel "Modelling the Epidemiological Impact of Intermittent Preventive Treatment against Malaria in Infants" wurde mittlerweile der erste wissenschaftliche Artikel veröffentlicht, der auf den Berechnungen von Malariacotrol.net basiert. Der Artikel handelt von der Wirksamkeit der vorbeugenden Behandlung von Malaria bei Kindern. Siehe auch: http://www.plosone.org/journals/plosone/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0002661. Im zweiten Quartal 2009 wurde ein Artikel auf www.malariajournal.com veröffentlicht, der auf den durchgeführten Berechnungen des Sommers 2008 basiert. In diesem Artikel geht es um die Kostengünstigkeit verschiedener Malariaimpfstoffe.

Planet 3DNow!

Planet 3DNow! nimmt seit dem 11.01.2007 mit einem eigenen Team an Malariacontrol.net teil. Die ersten 100.000 Credits wurden am 27.04.2007, die erste Million am 08.07.2008 erreicht.

Malariacontrol.net wurde für den August 2008 zum Projekt des Monats gewählt. In diesem Zeitraum wurden über 736.000 Credits durch das Team errechnet. Planet 3DNow! konnte dadurch von Platz 37 auf Platz 29 klettern.

Teilnahme

Das Projekt wird über die BOINC-Plattform betrieben, die URL zur Anmeldung lautet http://www.malariacontrol.net/.

Bei der ersten Anmeldung werden ca. 8 MByte Daten übertragen. Die Größe der Work-Units beträgt im Download 20 bis 64 KByte, im Upload bis zu 100 KByte.

Besonderheiten

Die aktuelle Anwendung ist mit 64-Bit-Linux ca. 35% schneller als ein 64-Bit-Vista. Ein Linux in einer virtuellen Maschine dagegen erzielt keinen Leistungsgewinn. Das Projekt bietet mehrere Anwendungen an. In den Einstellungen des Projekts kann man wählen welche Typen man bearbeiten möchte.

Die Hauptanwendung ist "malariacotrol.net", für die es immer Arbeit gibt. Die Work-Units können unter Windows x86, Linux x86 und x86-64 sowie unter Mac OS X (Intel) bearbeitet werden. Die Laufzeit beträgt wenige Minuten bis ca. 2:30 Stunden.
Ab und an gibt es Anwendungen namens "malariacontrol.net test", immer wenn es neue Parameter zu erproben gilt.
Der dritte Typ wird "Prediction of Malaria Prevalence" oder "map", bzw. "map predictor" genannt. Diese Work-Units sind nur selten verfügbar.
Der letzte Typ wird als "Estimation of parameters of infection dynamics" oder "Optimizer" bezeichet. Diese WUs haben sehr unterschiedliche Laufzeiten von ca. 20 Minuten bis 2 Stunden. Erkennbar sind diese Einheiten an der Bezeichnung der WUs, die immer mit opt_ beginnen. Im Unterschied zu den anderen Einheiten haben die Optimizer keinen Fortschrittsbalken, die Anzeige steht immer auf 0%.
Nur PCs mit Windows XP (x86) oder neuer können "map predictor" und "Optimizer" berechnen.
Das Projekt unterstützt Checkpoints, allerdings gilt dies nicht für die "Optimizer".
Pro Work-Unit (der Hauptanwendung) werden ca. 10 MByte auf der Festplatte belegt, der Arbeitsspeicher wird mit bis zu 60 MByte belastet.
Angaben für "Optimizer" TODO
Beim Prozessorvergleich zeigt sich, dass ein Core 2 Duo (Conroe-L) mit 1.800 MHz einen K8 mit 2.100 MHz knapp schlägt.
Die maximale Anzahl an Work-Units liegt bei 1.500 pro Tag und Rechner.
Das Quorum beträgt 2, d. h. eine Work-Unit muss von zwei Rechnern bearbeitet werden, bevor die Credits vergeben werden.
Die Deadline, innerhalb der die Berechnung abgeschlossen und vollständig zurückgemeldet werden muss, beträgt bei der Standard-Anwendung 3 Tage, 7 Stunden und 20 Minuten, die Zeiten der Test-Anwendung und von "map" liegen deutlich darunter.
Creditvergabe: Bei Malariacontrol.net wird die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt.