SiDock@home – Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki

Steckbrief
Kategorie:	Biologie & Medizin
Betreiber:	Karelian Research Center of the Russian Academy of Sciences in Petrozavods
Nationalität:	Slowenien / Russland
Start:	Oktober 2020
Status:	Stabil
Checkpoints:	Nein
Webseite:	SiDock@home
Anmelde-URL:	https://www.sidock.si/sidock/
Einladungscode:	Crunch_4Science
Clients
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Planet 3DNow! Teamstatistik
Platzierung Planet 3DNow!: (powered by BOINCstats)

SiDock@home ist Teil des slowenischen nichtkommerziellen COVID.SI-Projektes, welches ein Docker-Verfahren verwendet, um Moleküle zu finden, die bestimmte Stellen der Covid-Viren blockieren, so dass sie sich nicht mehr weiterverbreiten können.

Projektbeschreibung

SiDock@home ist ein Projekt zur Medikamentensuche gegen Covid-19. Es setzt auf dem (nicht BOINC-) Projekt Covid.si auf, um die Berechnungen auch in die BOINC-Welt zu bringen.

Es wird ein Docker-Verfahren verwendet, um Moleküle zu finden, welche bestimmte Stellen der Covid-Viren blockieren so daß sie sich nicht mehr weiterverbreiten können. Bisherige Ergebnisse können hier in 3D betrachtet werden.

Erfolge des Projekts

(19.03.2021) Unser fünftes Target ist das E-Protein. Wir sind emotional mit diesem Protein verbunden, weil wir in den frühen Tagen unseres Projekts im Rahmen von Covid seine Medikamentierbarkeit erforscht haben.

Mit nur 75 Aminosäuren Länge ist das Hüllprotein (E) das kleinste der vier Strukturproteine, aus denen das SARS-CoV-2-Viruspartikel besteht, und es ist essenziell für das Virus, um Zellen zu infizieren. Daten von anderen Coronaviren führten die Forscher zu der Vermutung, dass Gruppen von fünf E-Proteinen eine Pore bilden, die die Lipid-Doppelschichtmembran des Virus überspannt. Allerdings gab es keinen direkten Beweis, da die strukturelle Charakterisierung von membranüberspannenden Proteinen mit den am häufigsten verwendeten Techniken - Röntgenkristallographie und Kryo-Elektronenmikroskopie - schwierig ist. Die Gruppe von Mei Hong am Massachusetts Institute of Technology nutzte stattdessen die kernmagnetische Resonanzspektroskopie, um die Struktur des E-Proteins zu lösen und die Porenbildung zu bestätigen (Nat. Struct. Mol. Biol. 2020, DOI: 10.1038/s41594-020-00536-8). Die Gruppe untersuchte auch, wie zwei Medikamente, Amantadin und Hexamethylen-Amilorid, an die Pore binden und diese blockieren können. Obwohl diese Medikamente nur schwach an die Pore binden, sagen die Forscher, dass die neuen strukturellen Informationen bei der Entwicklung von Medikamenten helfen könnten, die gegen das Virus gerichtet sind.
In unserem HTVS werden wir 1 Milliarde der kleinen Moleküle an der Pore des E-Protein-Pentamers screenen. Wir hoffen, einige nette Moleküle zu finden, die die Pore blockieren können ;-)

(27.02.2021) Wir freuen uns, ankündigen zu können, dass SiDock@home als allgemeines Wirkstoffforschungsprojekt weitergeführt wird, nicht nur auf Coronaviren beschränkt! Dies bedeutet, dass das Projekt für eine lange Zeit fortgesetzt wird. Unser Ziel ist es, neue Methoden des Wirkstoffdesigns zu entwickeln und einzubauen und die Wirkstoffforschung für verschiedene Krankheiten durchzuführen.

Planet 3DNow!

Planet 3DNow! nimmt seit dem 23.10.2020 mit einem eigenen Team an SiDock@home teil.

Teilnahme

Sollte der BOINC-Client noch nicht installiert sein, kann er von boinc.berkeley.edu heruntergeladen und installiert werden. Für Fragen zur Installation des BOINC-Clienten steht der Teil Windows-Installation von BOINC mit Text und Bildern zur Verfügung.

Um SiDock@home nun als Projekt anzumelden, muss der BOINC-Manager geöffnet werden. In der Menüleiste wird der Eintrag "Assistenten" und dann "Projekt anmelden" ausgewählt. Im sich dann öffnenden Fenster wird die "Anmelde-URL" aus dem obigen Steckbrief eingegeben.

Wenn noch kein SiDock@home-Account vorhanden ist, wird dieser nun durch Auswahl des ersten Punktes "Nein, neues Teilnehmerkonto" erstellt. Dazu werden die Emailadresse und das gewünschte Passwort eingegeben und bestätigt. Unter [...] kann man sich nun mit diesen Daten anmelden und Änderungen an den Einstellungen vornehmen. Siehe hierzu auch den Artikel zur BOINC-Konfiguration. Hier kann man auch den Namen eintragen, unter dem man in den Statistiken geführt werden möchte. Dem Team von Planet 3DNow! kann man beitreten, indem man die [....] öffnet und auf "Join this team" klickt.

Falls bereits ein ....-Account vorhanden ist, lässt dieses sich durch Auswahl des Punkts "Ja, existierendes Teilnehmerkonto" und anschließender Eingabe der Emailadresse und des Passworts auf dem Rechner einrichten.

Anschließend verbindet sich der BOINC-Client mit dem Projekt und lädt die Anwendung für Rosetta sowie die ersten Work-Units herunter.

Besondere Einstellungen

Mit dem Betriebssystem Windows stehen nur die CurieMarieDock on BOINC zur Verfügung
CurieMarieDock unter Linux benötigt glibc 2.27 oder höher
Die WU-Menge ist auf das Zweifache der Kernanzahl, absolut max. 128 parallel, begrenzt
Windows vs. Linux: Windows ist 10-20% schneller
HTT/SMT: Off