TN-Grid – Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki

Steckbrief
Kategorie:	Biologie & Medizin
Betreiber:	Research Area of Trento of the National Research Council of Italy
Nationalität:	Italien
Start:	Dezember 2013
Status:	Stabil
Checkpoints:	Ja
Webseite:	TN-Grid
Anmelde-URL:	http://gene.disi.unitn.it/test/
Einladungscode:	science@tn
Clients
x86	x	x	-	-	-
x86-64	x	x	-	-	-
ARM	-	x	-	-	-
64-bit ARM	-	x	-	-	-
openWRT on ARM	-	x	-	-	-
openWRT on 64-bit ARM	-	x	-	-	-
Planet 3DNow! Teamstatistik
Platzierung Planet 3DNow!: (Alpha: ) (powered by BOINCstats)

TN-Grid ist ein Projekt des National Research Council of Italy und beschäftigt sich mit der Gen-Forschung.

Projektbeschreibung

OneGenE zielt darauf ab, jedes einzelne Gen eines Organismus zu erweitern.

Die Hauptidee von OneGenE ist, dass wir, wenn wir die Genexpansionsliste für jedes Gen eines Organismus berechnen, diese Erweiterungen mehrmals verwenden können, um die endgültige Expansionsliste eines lokalen Gennetzwerks zu erstellen. Bei den vorherigen Methoden zur Erweiterung des Gennetzwerks wurden die von uns berechneten Ergebnisse durch die Kenntnis des lokalen Gennetzwerks beeinflusst, das in jedes Experiment eingefügt wurde. Dies bedeutet, dass wir, wenn wir ein anderes lokales Gennetzwerk erweitern möchten, die Ergebnisse, die wir bereits für denselben Organismus berechnet haben, nicht verwenden können. Wir müssen neue Ad-hoc-Experimente für das neue lokale Gen-Netzwerk von Interesse planen ... und dies nimmt viel Rechenzeit in Anspruch.

Mit OneGenE sollten wir in der Lage sein, eine öffentliche Datenbank zu erstellen, die die einzelnen Erweiterungen für jedes Gen eines Organismus enthält. Mit dieser öffentlichen Datenbank bieten wir die Möglichkeit, in sehr kurzer Zeit eine Gen-Netzwerk-Erweiterungsliste zu erstellen, indem wir die bereits berechneten Einzelerweiterungen kombinieren.

Aktuell werden zugunsten der SARS-CoV-2-Forschung, die anderen Projekte pausiert. Die anderen Projekte im Einzelnen sind:

Homo Sapiens (OneGenE - FANTOM-1)

Das Ziel dieses Experiments ist die Identifizierung von Gennetzwerken, an denen menschliche Gene von medizinischer Relevanz für zwei große Familien menschlicher Pathologien beteiligt sind: Motoneuronerkrankungen und hämatopoetische Tumoren.

Die Erweiterung des menschlichen Gennetzwerks wird den umfassenden Genexpressionsdatensatz des FANTOM-Projekts nutzen.

Vitis vinifera (OneGenE)

Die Weinrebe (Vitis-Arten) gehört zu den wichtigsten Obstarten in Bezug auf Anbaufläche und wirtschaftliche Auswirkungen, aber auch für den hohen Bedarf an Pestiziden. Trotz dieser Relevanz ist wenig über die molekularen Regulationskreise bekannt, die der Physiologie dieser Spezies zugrunde liegen. Ein besseres Wissen über die Weinrebenbiologie würde sich eindeutig positiv auf die Bewirtschaftungspraktiken und die Züchtung auswirken und letztendlich zu einem nachhaltigeren Weinbau führen.

Ein „grüner“ Weinbau, d.h. ein nachhaltigerer Weinbau, der den Bedürfnissen der Gegenwart entspricht, ohne den Lebensunterhalt und die Bedürfnisse künftiger Generationen zu beeinträchtigen, ist eine aufkommende Forderung der Gesellschaft. Dies gilt auch für die Provinz Trentino, wo sich häufig Weinberge neben den Dörfern befinden.

Heute sind wir in der glücklichen Situation, dank des in den letzten 10 Jahren aufgebauten Wissens die molekularen Regulationskreise der Weinrebe in beispiellosem Tempo zu zerlegen. Seit der Entdeckung der Genomsequenz der Weinrebe im Jahr 2007 (Jaillon et al. Nature, Velasco et al. PlosOne) ist die Expression der ca. 30.000 Gene, die es enthält, in Dutzenden von kontrollierten Experimenten gemessen und öffentlich verfügbar (Vespucci) gemacht worden.

Pseudomonas aeruginosa (OneGenE)

Pseudomonas aeruginosa ist ein Bakterium, das für Pflanzen und Tiere, einschließlich uns Menschen, schädlich sein kann. Pseudomonas aeruginosa ist im Allgemeinen ein multiresistentes Bakterium, dass mit schweren Krankheiten in Verbindung gebracht wurde. Aus diesem Grund hat die Weltgesundheitsorganisation (WHO) im Jahr 2007 Pseudomonas aeruginosa in ihre Liste der Bakterien aufgenommen, für die dringend Antibiotika benötigt werden. Pressemitteilung der WHO)

^[1]

Erfolge des Projekts

Dieser Abschnitt ist ausbaufähig. Falls dir weitere nennenswerte Erfolge des Projekts bekannt sind, kannst du sie hier eintragen.

Planet 3DNow!

Planet 3DNow! nimmt seit dem mit einem eigenen Team an @home teil.

Teilnahme

Sollte der BOINC-Client noch nicht installiert sein, kann er von boinc.bakerlab.org heruntergeladen und installiert werden. Für Fragen zur Installation des BOINC-Clienten steht der Teil Windows-Installation von BOINC mit Text und Bildern zur Verfügung.

Um ...@home nun als Projekt anzumelden, muss der BOINC-Manager geöffnet werden. In der Menüleiste wird der Eintrag "Assistenten" und dann "Projekt anmelden" ausgewählt. Im sich dann öffnenden Fenster wird die "Anmelde-URL" aus dem obigen Steckbrief eingegeben.

Wenn noch kein ....-Account vorhanden ist, wird dieser nun durch Auswahl des ersten Punktes "Nein, neues Teilnehmerkonto" erstellt. Dazu werden die Emailadresse und das gewünschte Passwort eingegeben und bestätigt. Unter [...] kann man sich nun mit diesen Daten anmelden und Änderungen an den Einstellungen vornehmen. Siehe hierzu auch den Artikel zur BOINC-Konfiguration. Hier kann man auch den Namen eintragen, unter dem man in den Statistiken geführt werden möchte. Dem Team von Planet 3DNow! kann man beitreten, indem man die [....] öffnet und auf "Join this team" klickt.

Falls bereits ein ....-Account vorhanden ist, lässt dieses sich durch Auswahl des Punkts "Ja, existierendes Teilnehmerkonto" und anschließender Eingabe der Emailadresse und des Passworts auf dem Rechner einrichten.

Anschließend verbindet sich der BOINC-Client mit dem Projekt und lädt die Anwendung für Rosetta sowie die ersten Work-Units herunter.