World Community Grid/Drug Search for Leishmaniasis

Aus Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki
Steckbrief
Kategorie: Biologie & Medizin
Betreiber: IBM und University of Antioquia
Nationalität: Kolumbien Flag co.png
Start: September 2011
Status: Stabil
Checkpoints: Ja
Webseite: www.worldcommunitygrid.org
Anmelde-URL: http://www.worldcommunitygrid.org/
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Drug Search for Leishmaniasis (DSFL) wird von den Forschern des PECET (Program for the Study and Control of Tropical Diseases) an der University of Antioquia in Medellín in Kolumbien betrieben und nutzt die Plattform des World Community Grid. Das Projekt erforscht chemische Verbindungen, die später zu neuen Medikamenten zur Behandlung der Leishmaniose führen können sollen.

Projektbeschreibung

Leishmaniose ist eine weltweit vorkommende Infektionserkrankung, deren vollständige Heilung bisher nicht möglich ist. Jahr für Jahr werden über zwei Millionen Menschen mit dieser Krankheit infiziert, der Großteol davon sind Kinder. Die Infektion wird durch Sandmücken übertragen. Die Forscher verwenden die Software VINA, vom Scripps Research Institute in La Jolla, California, um virtuelle chemische Experimente durchzuführen. Dabei werden zwischen Millionen von verschiedenen Wirkstoffen diejeniegen gesucht, die in der Lage sind, bestimmte Proteine, die für das Überleben der Parasiten wichtig sind, zu deaktivieren. Dabei ist das Finden der bestgeeigneten Bestandteile der erste Schritt zur Entwicklung wirksamer Behandlungsmethoden gegen die Leishmaniose. Mit genügend Rechenleistung, kann dieses Screening sehr viel schneller durchgeführt werden, als mit herkömmlichen Laborexperimenten. Der Rechenaufwand um dieses Screening durchzuführen, beläuft sich mit der Kapazität, die den Forschern zur Verfügung steht, auf ca. 120 Jahre. Mit den Rechnern des World Community Grid, hofft man, in weniger als einem Jahr die Berechnungen abschließen zu können. Die Ergebnisse werden veröffentlicht und anderen Forschern zur Verfügung gestellt, damit im Anschluss an diese Phase, in weiteren Laborexperimenten, wirkungsvolle Medikamente entwickelt werden können.

Erfolge des Projekts

Dieser Abschnitt ist ausbaufähig. Falls dir weitere nennenswerte Erfolge des Projekts bekannt sind, kannst du sie hier eintragen.

Planet 3DNow!

Da Planet 3DNow! schon seit dem 11.06.2005 mit einem eigenen Team am World Community Grid teilnimmt, wurde auch Drug Search for Leishmaniasis seit dessen Beginn gerechnet.

Teilnahme

Das Projekt läuft unter dem Dach des World Community Grid. WCG wird über die BOINC-Plattform betrieben, die URL zur Anmeldung lautet http://www.worldcommunitygrid.org. Bei der Account-Erstellung ist zu beachten, dass WCG keine Sonderzeichen und Umlaute im Passwort akzeptiert. Im Gegensatz zu den meisten (allen anderen?) Projekten wird der Benutzer nicht über die E-Mail-Adresse identizifiert, sondern über den Benutzernamen. Da unter dem Metaprojekt World Community Grid verschiedene Projekte vereint sind, kann jeder Teilnehmer für sich entscheiden, welche Projekten er unterstützen möchte. Um für Drug Search for Leishmaniasis zu rechnen, muss im Profil unter "My Projects" der entsprechende Haken gesetzt werden.

Besonderheiten

  • Alle Projekte unter dem Dach von World Community Grid unterstützen Checkpoints.
  • Die Deadline, innerhalb der die Berechnung abgeschlossen und vollständig zurückgemeldet werden muss, beträgt aktuell zehn Tage.
  • Die Laufzeiten betragen auf einem Q8200 mit 2,33 GHz unter Linux 64-Bit zwischen fünf und acht Stunden.
  • Die Speicherbelastung der WUs liegt bei da. 40 MByte.
  • Das Quorum beträgt 2, d.h. eine Work-Unit muss von zwei Rechnern erfolgreich bearbeitet werden, bevor die Credits vergeben werden.
  • Creditvergabe: Für DSFL wird vermutlich die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt.

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