World Community Grid/FightAIDS@home

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Steckbrief
Kategorie: Biologie & Medizin
Betreiber: IBM und Olson Laboratory, Kalifornien
Nationalität: USA Flag us.png
Start: November 2005
Status: Stabil
Checkpoints: Ja
Webseite: www.worldcommunitygrid.org
Anmelde-URL: http://www.worldcommunitygrid.org/
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FightAIDS@home (FAAH) wird vom Olson Laboratory am Scripps Research Institute in La Jolla, Kalifornien betrieben und nutzt die Plattform des World Community Grid. Es ist das erste biomedizinische Distributed Computing Projekt der Welt und läuft seit 2002 im Olson Laboratory, im November 2005 wurde es auf der Plattform des WCG gestartet. Im Projekt geht es um das Design neuer Medikamente gegen HIV auf molekularer Ebene. Die Medikamente sollen die HIV-Protease blockieren um so einen Ausbruch von AIDS zu verhindern. Die gespendetet Rechenzeit bringt neue Kandidaten hervor, die die richtige Form und passende chemische Eigenschaften haben, um die HIV-Protease zu blockieren.

Projektbeschreibung

Kern des Projekts FightAIDS@home ist das Programm Autodock, das am Olson Laboratory entwickelt wurde. Autodock ist eine Sammlung von Tools, die vorhersagt, wie sich kleine Moleküle, wie z.B. potentielle Medikamente, an bekannten dreidimensionalen Strukturen binden, bzw. andocken. Autock ist einer ständigen Weiterentwicklung unterworfen, die die Suite immer robuster und leistungsfähiger macht. Die besten Ergebnisse aus der Simulation werden im Labor auf ihre tatsächliche Wirksamkeit gegen HIV geprüft. Durch die zur Verfügung gestellte Rechenleistung der Teilnehmer am World Community Grid können bessere Behandlungen in viel kürzerer Zeit realisiert werden.

Erfolge des Projekts

Die Erfolge und Fortschritte des Projekts werden auf der Projektseite dokumentiert. Den Status erfährt man auf http://fightaidsathome.scripps.edu/status und in den FightAIDS@home News:

Am 02.03.2010 wurde ein Artikel über vielversprechende Ergebnisse des Projekts veröffentlicht. Die Forscher haben zwei Komponenten gefunden, die in der Lage sind bereits resistente AIDS-Stämme zu bekämpfen: Two Compounds Discovered that Pave the Way for New Class of AIDS Drug.

Das Projekt FAAH kann kann bisher auf ein veröffentlichtes Paper verweisen:

  • Max W. Chang, William Lindstrom, Arthur J. Olson, and, Richard K. Belew. Analysis of HIV Wild-Type and Mutant Structures via in Silico Docking against Diverse Ligand Libraries. Journal of Chemical Information and Modeling 2007 47 (3), 1258-1262

Planet 3DNow!

Da Planet 3DNow! schon seit dem 11.06.2005 mit einem eigenen Team am World Community Grid teilnimmt, wurde auch FightAIDS@home seit dessen Beginn gerechnet.

Im Dezember 2009 nahm das Team am "HRC 2009 World AIDS Day" teil. Diese Challenge wurde von HRC initiiert, dabei erreichte P3D mit 5 Jahren und 348 Tagen gespendeter Prozessor-Zeit den ersten Rang.

Teilnahme

Das Projekt läuft unter dem Dach des World Community Grid. WCG wird über die BOINC-Plattform betrieben, die URL zur Anmeldung lautet http://www.worldcommunitygrid.org. Bei der Account-Erstellung ist zu beachten, dass WCG keine Sonderzeichen und Umlaute im Passwort akzeptiert. Im Gegensatz zu den meisten (allen anderen?) Projekten wird der Benutzer nicht über die E-Mail-Adresse identizifiert, sondern über den Benutzernamen. Da unter dem Metaprojekt World Community Grid verschiedene Projekte vereint sind, kann jeder Teilnehmer für sich entscheiden, welche Projekten er unterstützen möchte. Um für FightAIDS@home zu rechnen, muss im Profil unter "My Projects" der entsprechende Haken gesetzt werden.

Besonderheiten

  • Alle Projekte unter dem Dach von World Community Grid unterstützen Checkpoints.
  • Die Deadline, innerhalb der die Berechnung abgeschlossen und vollständig zurückgemeldet werden muss, beträgt 10 Tage.
  • Die Laufzeit beträgt im Durchschnitt 9:21 Stunden (Mittelwert aller Work Units bei FAAH).
  • Die Speicherbelastung der WUs liegt bei 50 bis 150 MByte.
  • Das Quorum für FAAH beträgt 1, jede Work-Unit wird also nur einmal ausgeliefert und berechnet.
  • Creditvergabe: Obwohl das Qurum nur 1 berträgt, fällt auf, dass die "claimed credits" nicht den "granted credits" entsprechen. In den WUs wird ein zusätzlicher Mini-Benchmark ausgeführt, dessen Ergebnis später die Grundlage für die "claimed credits" ist.

Banner WCG.png

Banner WCG-FightAIDS.png

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