World Community Grid/GO Fight Against Malaria

Aus Planet 3DNow! Distributed Computing Wiki
Steckbrief
Kategorie: Biologie & Medizin
Betreiber: IBM und The Scripps Research Institute
Nationalität: USA Flag us.png
Start: November 2011
Status: Stabil
Checkpoints: Ja
Webseite: www.worldcommunitygrid.org
Anmelde-URL: http://www.worldcommunitygrid.org/
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GO Fight Against Malaria (GFAM) wird von The Scripps Research Institute in La Jolla, California, USA betrieben und nutzt die Plattform des World Community Grid. Das Projekt sucht Wirkstoffe, die gegen bereits resistente Erreger der Malaria eingesetzt werden können.

Projektbeschreibung

Malaria ist eine Tropenkrankheit, die von einzelligen Parasiten der Gattung Plasmodium hervorgerufen wird. Der Erreger wird hauptsächlich durch den Stich von Moskitos der Gattung Anopheles übertragen. Malaria ist eine der drei tödlichsten Infektionskrankheiten auf der Erde, laut Angaben der Weltgesundheitsorganisation sterben jährlich eine Million Menschen an Malaria. Etwa die Hälfte der Opfer sind Kinder unter fünf Jahren. Es gibt bereits Medikamente gegen Malaria, Ziel dieses Projekts ist aber das Finden von Wirkstoffen, die auch resistente "Suberbugs" eliminieren. Man kann davon ausgehen, dass sich diese mutierten Erreger weiter ausbreiten und mit der Zeit mehr Krankheitsfälle verursachen. Das Finden passender Medikamente hat daher eine hohe Priorität.

Konkret sucht das Projekt aus Millionen von verschiedenen Wirkstoffen diejeniegen, die in der Lage sind, den Parasiten zu deaktivien. Dabei werden vor allem die Fähigkeit des Parasiten sich zu vermehren, bzw. überhaupt zu überleben ins Visier genommen. Ein besonderes Augenmerk liegt dabei auf den bereits erwähnten resistenten Erregern. Der Rechenaufwand um dieses Screening durchzuführen, beläuft sich mit den Mitteln, die den Forschern zur Verfügung steht, auf ca. 100 Jahre. Mit den Rechnern des World Community Grid, soll diese Phase bereits nach einem Jahr abgeschlossen werden. Die Ergebnisse des Projekts werden der Allgemeinheit zur Verfügung gestellt, damit letztlich (wieder) wirksame Medikamente gegen alle Formen der Malaria zur Verfügung stehen.

Erfolge des Projekts

Dieser Abschnitt ist ausbaufähig. Falls dir weitere nennenswerte Erfolge des Projekts bekannt sind, kannst du sie hier eintragen.

Planet 3DNow!

Da Planet 3DNow! schon seit dem 11.06.2005 mit einem eigenen Team am World Community Grid teilnimmt, wurde auch GO Fight Against Malaria seit dessen Beginn gerechnet.

Teilnahme

Das Projekt läuft unter dem Dach des World Community Grid. WCG wird über die BOINC-Plattform betrieben, die URL zur Anmeldung lautet http://www.worldcommunitygrid.org. Bei der Account-Erstellung ist zu beachten, dass WCG keine Sonderzeichen und Umlaute im Passwort akzeptiert. Im Gegensatz zu den meisten (allen anderen?) Projekten wird der Benutzer nicht über die E-Mail-Adresse identizifiert, sondern über den Benutzernamen. Da unter dem Metaprojekt World Community Grid verschiedene Projekte vereint sind, kann jeder Teilnehmer für sich entscheiden, welche Projekten er unterstützen möchte. Um für GO Fight Against Malaria zu rechnen, muss im Profil unter "My Projects" der entsprechende Haken gesetzt werden.

Besonderheiten

  • Zu Beginn werden nur Windows und Linux unterstützt. Ein Client für Mac OS X soll demnächst folgen.
  • Einmalig werden für das Projekt 2 MB geladen, die Größe einer einzelnen Work-Unit beträgt im Download 0,2 MB, im Upload 0,1 MB.
  • Alle Projekte unter dem Dach von World Community Grid unterstützen Checkpoints.
  • Die Deadline, innerhalb der die Berechnung abgeschlossen und vollständig zurückgemeldet werden muss, beträgt aktuell xx Tage.
  • Die Laufzeiten betragen auf einem Q8200 mit 2,33 GHz unter Linux 64-Bit zwischen xx Stunden.
  • Die Speicherbelastung der WUs liegt bei maximal 250 MByte RAM- und 50 MB Festplattenspeicher.
  • Das Quorum beträgt 2, d.h. eine Work-Unit muss von zwei Rechnern erfolgreich bearbeitet werden, bevor die Credits vergeben werden.
  • Creditvergabe: Für GFAM wird vermutlich die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt.

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