World Community Grid/Help Fight Childhood Cancer: Unterschied zwischen den Versionen
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| − | Help Fight Childhood Cancer wird vom Chiba Cancer Center Research Institute der Chiba University in Japan betrieben und nutzt die Plattform des [[World Community Grid]]. Das Projekt möchte neuartige Medikamente entwickeln um das Neuroblastom, eine der häufigsten Krebserkrankungen bei Kinder, behandeln zu können. | + | '''Help Fight Childhood Cancer''' wird vom Chiba Cancer Center Research Institute der Chiba University in Japan betrieben und nutzt die Plattform des [[World Community Grid]]. Das Projekt möchte neuartige Medikamente entwickeln um das Neuroblastom, eine der häufigsten Krebserkrankungen bei Kinder, behandeln zu können. |
Die rapiden Fortschritte in der Krebsforschung sind in Bezug auf die Behandlung des Neuroblastoms sehr vielversprechend. Die Forscher möchten die bisherigen Erkenntnisse ausnutzen und streben die Entwicklung wirkungsvoller Medikamente an. | Die rapiden Fortschritte in der Krebsforschung sind in Bezug auf die Behandlung des Neuroblastoms sehr vielversprechend. Die Forscher möchten die bisherigen Erkenntnisse ausnutzen und streben die Entwicklung wirkungsvoller Medikamente an. | ||
== Projektbeschreibung == | == Projektbeschreibung == | ||
| − | Die Forscher haben eine Bibliohek von drei Millionen potentiellen Wirkstoffen (sogenannten Liganden) zusammengestellt. Mit Hilfe des WCG werden Laborexperimente simuliert, um zu testen, welche dieser Wirkstoffe die Neuroblastom verursachenden Proteine (TrkB, ALK und SCxx) blocken können. Dazu wird Autodock genutzt, eine Suite, die auch schon bei den Projekten [[FightAIDS@ | + | Die Forscher haben eine Bibliohek von drei Millionen potentiellen Wirkstoffen (sogenannten Liganden) zusammengestellt. Mit Hilfe des WCG werden Laborexperimente simuliert, um zu testen, welche dieser Wirkstoffe die Neuroblastom verursachenden Proteine (TrkB, ALK und SCxx) blocken können. Dazu wird Autodock genutzt, eine Suite, die auch schon bei den Projekten [[World Community Grid/FightAIDS@home|FightAIDS@home]] und [[World Community Grid/Discovering Dengue Drugs - Together|Discovering Dengue Drugs - Together]] verwendet wird. |
Die Simulationen sollen also zeigen, welche Wirkstoffe am effektivsten die drei Proteine blocken können, bevor sie real im Labor auf Wirksamkeit geprüft werden. | Die Simulationen sollen also zeigen, welche Wirkstoffe am effektivsten die drei Proteine blocken können, bevor sie real im Labor auf Wirksamkeit geprüft werden. | ||
| − | Den dafür notwendigen Rechenaufwand beziffert das Projekt auf 8.000 Jahre. Mit den Rechnern, die das Chiba Cancer Center Research Institute derzeit zur Verfügung hat, können die Berechnungen erst in rund 100 Jahren abgeschlossen werden. Mit Hilfe des WCG hofft man nach zwei Jahren alle Ergebnisse zu haben. | + | Den dafür notwendigen Rechenaufwand beziffert das Projekt auf 8.000 Jahre. Mit den Rechnern, die das Chiba Cancer Center Research Institute derzeit zur Verfügung hat, können die Berechnungen erst in rund 100 Jahren abgeschlossen werden. Mit Hilfe des WCG hofft man, nach zwei Jahren alle Ergebnisse zu haben. |
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* Die Laufzeiten betragen auf einem Athlon X2 mit 2.200 MHz ca. acht Stunden. Ein Pentium DualCore mit 1.600 MHz ist nach rund sieben Stunden fertig. | * Die Laufzeiten betragen auf einem Athlon X2 mit 2.200 MHz ca. acht Stunden. Ein Pentium DualCore mit 1.600 MHz ist nach rund sieben Stunden fertig. | ||
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| − | * Das [[Quorum]] beträgt 2, d.h. eine [[Work-Unit]] muss von zwei Rechnern erfolgreich bearbeitet werden, bevor die Credits vergeben werden. | + | * Das [[Quorum]] beträgt 2, d.h. eine [[Work-Unit]] muss von zwei Rechnern erfolgreich bearbeitet werden, bevor die Credits vergeben werden. HFCC kann Rechnern, die lange genug dabei sind und richtige Ergebnisse geliefert haben, vertrauen. An diese Systeme werden die WUs nur jeweils einmal ausgeliefert, das Quorum beträgt dann 1. |
| − | * Creditvergabe: Für Help Fight Childhood Cancer wird die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt. | + | * Creditvergabe: Für Help Fight Childhood Cancer wird die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt. Bei WUs mit Quorum 1 fällt auf, dass die "claimed credits" nicht den "granted credits" entsprechen. In den WUs wird ein zusätzlicher Mini-Benchmark ausgeführt dessen Ergebnis später die Grundlage für die "claimed credits" bei einem Quorum von 1 ist. |
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Aktuelle Version vom 4. Juli 2009, 08:44 Uhr
| Steckbrief | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| Kategorie: | Biologie & Medizin | ||||
| Betreiber: | IBM und Chiba University | ||||
| Nationalität: | Japan 
| ||||
| Start: | März 2009 | ||||
| Status: | Stabil | ||||
| Checkpoints: | Ja | ||||
| Webseite: | www.worldcommunitygrid.org | ||||
| Anmelde-URL: | http://www.worldcommunitygrid.org/ | ||||
| Clients |  |
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| x86 | x | x | x | - | - |
| x86-64 | - | - | x | - | - |
| Planet 3DNow! Teamstatistik | |||||
Platzierung Planet 3DNow!:  (powered by BOINCstats) | |||||
Help Fight Childhood Cancer wird vom Chiba Cancer Center Research Institute der Chiba University in Japan betrieben und nutzt die Plattform des World Community Grid. Das Projekt möchte neuartige Medikamente entwickeln um das Neuroblastom, eine der häufigsten Krebserkrankungen bei Kinder, behandeln zu können. Die rapiden Fortschritte in der Krebsforschung sind in Bezug auf die Behandlung des Neuroblastoms sehr vielversprechend. Die Forscher möchten die bisherigen Erkenntnisse ausnutzen und streben die Entwicklung wirkungsvoller Medikamente an.
Projektbeschreibung
Die Forscher haben eine Bibliohek von drei Millionen potentiellen Wirkstoffen (sogenannten Liganden) zusammengestellt. Mit Hilfe des WCG werden Laborexperimente simuliert, um zu testen, welche dieser Wirkstoffe die Neuroblastom verursachenden Proteine (TrkB, ALK und SCxx) blocken können. Dazu wird Autodock genutzt, eine Suite, die auch schon bei den Projekten FightAIDS@home und Discovering Dengue Drugs - Together verwendet wird. Die Simulationen sollen also zeigen, welche Wirkstoffe am effektivsten die drei Proteine blocken können, bevor sie real im Labor auf Wirksamkeit geprüft werden. Den dafür notwendigen Rechenaufwand beziffert das Projekt auf 8.000 Jahre. Mit den Rechnern, die das Chiba Cancer Center Research Institute derzeit zur Verfügung hat, können die Berechnungen erst in rund 100 Jahren abgeschlossen werden. Mit Hilfe des WCG hofft man, nach zwei Jahren alle Ergebnisse zu haben.
Erfolge des Projekts
Planet 3DNow!
Da Planet 3DNow! schon seit dem 11.06.2005 mit einem eigenen Team am World Community Grid teilnimmt, wurde auch Help Fight Childhood Cancer seit dessen Beginn gerechnet.
Teilnahme
Das Projekt läuft unter dem Dach des World Community Grid. WCG wird über die BOINC-Plattform betrieben, die URL zur Anmeldung lautet http://www.worldcommunitygrid.org. Bei der Account-Erstellung ist zu beachten, dass WCG keine Sonderzeichen und Umlaute im Passwort akzeptiert. Im Gegensatz zu den meisten (allen anderen?) Projekten wird der Benutzer nicht über die E-Mail-Adresse identizifiert, sondern über den Benutzernamen. Da unter dem Metaprojekt World Community Grid verschiedene Projekte vereint sind, kann jeder Teilnehmer für sich entscheiden, welche Projekten er unterstützen möchte. Um für Help Fight Childhood Cancer zu rechnen, muss im Profil unter "My Projects" der entsprechende Haken gesetzt werden.
Besonderheiten
- Alle Projekte unter dem Dach von World Community Grid unterstützen Checkpoints.
- Die Deadline, innerhalb der die Berechnung abgeschlossen und vollständig zurückgemeldet werden muss, beträgt neun Tage.
- Die Laufzeiten betragen auf einem Athlon X2 mit 2.200 MHz ca. acht Stunden. Ein Pentium DualCore mit 1.600 MHz ist nach rund sieben Stunden fertig.
- Die Speicherbelastung der WUs liegt bei ?? MByte.
- Das Quorum beträgt 2, d.h. eine Work-Unit muss von zwei Rechnern erfolgreich bearbeitet werden, bevor die Credits vergeben werden. HFCC kann Rechnern, die lange genug dabei sind und richtige Ergebnisse geliefert haben, vertrauen. An diese Systeme werden die WUs nur jeweils einmal ausgeliefert, das Quorum beträgt dann 1.
- Creditvergabe: Für Help Fight Childhood Cancer wird die Methode "two_credit" verwendet. Wenn die "claimed credits" dicht zusammen liegen, wird der Durchschnitt berechnet und gutgeschrieben. Ist dies nicht der Fall wird bei beiden Rechnern der bisher erreichte Creditwert bezogen auf eine CPU-Sekunde herangezogen. Daraufhin bekommen beide PCs den "claimed credit" gutgeschrieben, der dichter am historischen Wert eines PCs liegt. Bei WUs mit Quorum 1 fällt auf, dass die "claimed credits" nicht den "granted credits" entsprechen. In den WUs wird ein zusätzlicher Mini-Benchmark ausgeführt dessen Ergebnis später die Grundlage für die "claimed credits" bei einem Quorum von 1 ist.
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Weblinks
- www.worldcommunitygrid.org - Internetpräsenz des Projekts
- www.m.chiba-u.ac.jp - Seite des Chiba Cancer Center Research Institute
- Planet 3DNow! Unterforum
- Planet 3DNow! Teamstatistik
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